Minimaalsete proovide vaatlemiseks on mikroskoope kasutatud paljudes erinevates valdkondades. Mikroskoope on erinevat tüüpi, millest igaühel on oma meetodid antud proovi erinevate aspektide vaatamiseks. Enamikul mikroskoobidest on objektiivläätsede komplekt ja okulaarlääts, mis võimaldab näha suurendatud pilti. Kaamera saab lisada paljudele mikroskoobidele, et hiljem pilte analüüsida. Mikroskoopide õpetamisel on tavaliselt kaks okulaaride komplekti, nii et teine inimene näeb sama pilti kui aparaati juhtiv inimene.
Ühend
Kõige odavam ja tavalisem laborites kasutatav mikroskoop on liitmikroskoop. Need mikroskoobid kasutavad objektide suurendamiseks erineva tugevusega läätsesid. Liitmikroskoopidel on tavaliselt okulaar, peeglite komplekt ja objektiiv, mis koos töötavad. Pilte nähakse kahes mõõtmes. Mikroskoobi kaamera manuse abil saab vaatleja pilte hiljem analüüsimiseks salvestada.
Skaneeriv elektronmikroskoop
Skaneeriv elektronmikroskoop on võimeline jälgima objekte 3D-kujutisega. Piltidel on suur suurendus ja kõrge eraldusvõime, kuid need ilmuvad mustvalgena. Üksikasjalike piltide tegemiseks on proov kaetud kuldosakestega. Elektronid põrkavad kuldplaadilt pildi saamiseks. Seda tüüpi mikroskoobist on kasu väga pisikeste objektide üksikasjalikul vaatamisel ja pildid salvestatakse, et neid hiljem vaadata. Vaadatud tavalised objektid on bakterite, viiruste ja mõnede rakukomponentide üksikasjalikud pildid.
Ülekandelektronmikroskoop
Seda tüüpi mikroskoobis kasutatakse proovi läbimiseks elektrone. Kahemõõtmelised pildid saadakse suure eraldusvõimega õhukeste viilude loomisega. Ülekandelektronmikroskoobid on kasulikud piltide saamiseks proovi paksuse, mitte ainult pinna kaudu. Kuna need on kallid, leidub neid mikroskoope tõenäolisemalt suuremates uurimisasutustes ja ülikoolides.
Stereoskoop
Stereoskoope saab kasutada objektide vaatamiseks kolmes mõõtmes. Suurendus ei ole nii tugev kui muud tüüpi mikroskoobides, kuid võimaldab siiski näha detaile, mida palja silmaga muidu ei näeks. Neid nimetatakse ka dissektsioonimikroskoobideks, kuna neid kasutatakse tavaliselt väikeste isendite lahkamiseks.
Fluorestsentsmikroskoop
Mikroskoope saab kasutada proovi erinevate aspektide vaatamiseks, muutes pildi loomise viisi. Fluorestsentsmikroskoobid kasutavad värvainetega suhtlemiseks kindlaid valguse värve. Värvainete valgustumisel saab teatud struktuure eraldada ja vaadata nende vastavate värvainetega. Seda tüüpi mikroskoop on kasulik rakus leiduvate spetsiifiliste valkude jälgimiseks. Mikroskoobist piltide jäädvustamiseks on tavaliselt ühendatud kaamera.