Mikroorganismid on üherakulised olendid nagu bakterid, seened või hallitus. Need organismid kipuvad paljunema ja kasvama rühmadena, nii et mikrobioloogid uurivad iga rakku omaette vaatamise asemel rakkude paigutust. Organismide, näiteks bakterite, kolooniate paigutus võimaldab mikrobioloogidel neid tuvastada, kuna need mikroorganismid kipuvad kasvama spetsiifiliste mustritena.
Bakteriaalsed vormid
Bakterid on tavaliselt ühes kolmest kujust - ümmargused, vardad või spiraalid. Ümmargused bakterid, tuntud kui kokid või ühe raku kokk, võivad ka ühel küljel olla ovaalsed, piklikud või lamedad. Batsillid ehk ainsuse batsillid on vardakujulised organismid, mis võivad ka nii lühikesed ja paksud välja näha, et neid nimetatakse kokkokobatsillideks. Spiraalsed bakterid võivad tunduda kõverad, kui neid nimetatakse vibriodeks, või neil on mitu keerdumist - spirillal on jäigad kehad, samal ajal kui spiroheedid on paindlikud. Kuigi bakterid eeldavad peamiselt neid kolme põhikuju, võivad pleomorfsed bakterid olla erineva kujuga, näiteks ruutude või tähtedega.
Korralduste klassifitseerimine
Bakterid on paigutatud mustritesse, neist levinumad on diplo, stafülo, strepto, tetrad ja sarkiin; neid seadeid saab rakendada erinevate bakterikujude suhtes. Diplo viitab kahele rakule, seega on diplokokid koksi paigutused paarikaupa. Streptobatsillid on ahelates batsillid. Stafülokokid on ebakorrapäraste kobaratena paigutatud kokid, nagu viinamarjahunnik. Tetrad on rühm neljast rakust, mis on paigutatud ruudu sisse, ja sarcina on paigutatud kaheksast lahtrist koosnevatesse kuubikutesse. Kokte võib korraldada kõigil neil vormidel: batsillid võivad olla üksikud, streptobatsillid või kokokobatsillid; ja spiraalbakterid esinevad vibrio, spirillum ja spirochete kujul.
Morfoloogia
Mikrobioloogid saavad baktereid tuvastada ka nende koloonia morfoloogia või bakterikoloonia välimuse ja omaduste kaudu. Kui paigutus viitab üksikute rakkude rühmitustele, kirjeldab morfoloogia bakterirühmade või kolooniate välimust. Koloonia kujud võivad olla ümmargused, ebakorrapärased, niitjad või lokkis. Kolooniad võivad olla tasased või ümardatud kõrgusega. Koloonia pind võib tunduda sile, läikiv, kare või tuhm ning läbipaistmatus võib olla läbipaistmatu, läbipaistmatu või poolläbipaistev.
Muude mikroorganismide paigutus
Kui paigutus mikrobioloogias viitab tavaliselt bakteritele, siis teised mikroorganismid kipuvad oma rakke paigutama kindlateks vormideks. Näiteks seened võivad ilmneda mitmerakuliste niitvormidena, makroskoopiliste niitidena (neid nimetatakse sageli seenteks) või üherakuliste pärmidena. Vormid koosnevad niididest, mida nimetatakse hüüfideks; hallitusseente rakud jätkavad ahelate moodustumist. Hüüfid moodustavad niidirühmad, mida nimetatakse mütseeliks (ainsuse seeneniidistik). Makroskoopilised seened moodustavad ka mütseelia, kuid tekitavad ka nähtavaid struktuure nagu seened või kärnkonnad, mis hoiavad eoseid, võimaldades seentel paljuneda. Pärmid paljunevad vanaraku idanevate tütrerakkude abil.