Sageli kõige lihtsamateks eluvormideks peetavad bakterid moodustavad mitmekesise organismirühma. Bakterite mitmekesisus on viinud selle rühma jagunemise kaheks eluvaldkonnaks - Eubacteria ja Archaea. Vaatamata sellele mitmekesisusele on bakteritel mitmeid omadusi, eriti prokarüootsed rakud. Lisaks on mitmeid omadusi, näiteks rakuseina koostis laialt levinud eubakterite ja arheedlased, ehkki nende peaaegu kõikjal esinevate omadusteta bakterite olemasolu rõhutab nende olemasolu mitmekesisus.
Üherattalised
Võib-olla on bakterite kõige otsesem omadus nende olemasolu üherakuliste organismidena. Kui enamik baktereid, nii arheed kui ka eubakterid, veedavad kogu mikroskoopilise elutsükli iseseisva üksikuna rakud, mõned nagu mullas elavad müksobakterid, moodustavad oma elu osana mitmerakulised viljakehad tsükkel.
Organellid puuduvad
Eukarüootsetel rakkudel, näiteks taimede, loomade ja seente rakkudel, on membraaniga seotud tuum, mis jaotab raku ülejäänud rakust eraldatud DNA. Nende rakkude muud funktsioonid eraldatakse ka spetsiaalsetesse membraaniga seotud organellidesse, näiteks rakuhingamiseks mõeldud mitokondritesse ja fotosünteesi jaoks kloroplastidesse. Bakteritel puudub rakkudes tuum ja komplekssed organellid. See ei tähenda, et bakteritel poleks sisemist organisatsiooni, kuna nende DNA eraldatakse sageli bakteriraku piirkonda, mida nimetatakse nukleoidiks. Siiski on oluline märkida, et nukleoidi ei eraldata ülejäänud rakust füüsiliselt membraaniga.
Plasma membraan
Kui plasmamembraanid on levinud teistes elusrakkudes, ei ole need membraanid bakterite omadus. Sisemiste organellide puudumine toob kaasa paljude funktsioonide esinemise eukarüootsetes rakkudes bakterite plasmamembraanil. Näiteks võimaldavad plasmamembraani spetsiaalsed sissevoolud fotosünteesivad bakterid valguse sõltuvust - fotosünteesi reaktsioonid, mida fotosünteetilised eukarüoodid viivad tykaloidmembraanidele kloroplast.
Rakuseinad
Peptidoglükaani rakusein on eubakterite seas tavaline tunnus. See rakusein ümbritseb bakteriraku, pakkudes tugevust ja hoides ära rebenemise muutuvas keskkonnas. Üks põhilisi teste, mida bakterite tuvastamisel tehakse, on Grami värv, mis kategoriseerib eubakterid on grampositiivsed või gramnegatiivsed, mis põhineb rakuseina võimetel kristalle säilitada violetne värv. Rakusein on antibiootikumi penitsilliini ja selle derivaatide sihtmärk. Penitsilliin pärsib rakuseina moodustumist ja võib seinu hävitada, eriti kiiresti kasvavate ja paljunevate bakterite korral. Jällegi rõhutades selle rühma mitmekesisust, pole kõigil eubakteritel peptidoglükaani rakuseina. Klamüüdia rakuseinas puudub peptidoglükaan. Mükoplasmal puudub rakusein. Arheidel on ka rakusein, kuid nad kasutavad muid aineid peale peptidoglükaani.
DNA
Bioloogiaõpikutes sageli graafiliselt kujutatud mitmed lineaarsed kromosoomid on spetsiifilised eukarüootidele. Ja vastupidi, nii arhetel kui ka eubakteritel on ühe ümmarguse kujuga kromosoom ja DNA järjestus, mis on palju lühem kui eukarüootidel. Lühemat DNA järjestust võib osaliselt seletada ka bakterirakkude suhteliselt vähenenud keerukusega tuleneb introni vähenenud olemasolust - geeni segmentidest, mis eemaldatakse DNA translatsiooni käigus valk. Bakteri genoomi täiendavad väiksemad DNA fragmendid, mida nimetatakse plasmiidideks, ehkki need pole ainult bakteritele omased ja neid leidub ka eukarüootides. Plasmiidid paljunevad bakterirakkudes bakterikromosoomist sõltumata ja neid saab vahetada erinevate bakteriorganismide vahel. Plasmiidid võivad anda peremeesrakule selliseid omadusi nagu antibiootikumiresistentsus.