19. sajandil oli bioloogias kogu moes taksonoomia - elusorganismide klassifikatsioon. Nii harrastus- kui elukutselised loodusteadlased olid elukate kogumise ja tuvastamise hullusega nii haaratud, haruldased mardikad olid kuumad kaubad. Sel ajal oli mikroorganismidest ja nende kohast elusolendite maailmas vähe teada ning mikrobioloogia klassifikatsioon ei pööranud nii palju tähelepanu. Vahepealsetel aastakümnetel on mikroobide tundmine ja meetodid dramaatiliselt kasvanud - mikroorganismide kindlakstegemine, millest osa suurenemist näitab ka mikroorganismide tõhus klassifitseerimine mikroorganismid.
Taksonoomia komponendid
Taksonoomial on kolm komponenti: nomenklatuur, klassifikatsioon ja identifitseerimine. Nomenklatuur tähendab lihtsalt liigile nime määramist. Liigitamine on liikide rühmitamine ühiste tunnuste järgi - mõned neist on füüsikalised ja teised biokeemilised. Identifitseerimine kasutab organismi tunnuseid, et teha kindlaks, kuhu ta klassifitseerimisskeemi kuulub. Kaasaegsel taksonoomilisel skeemil on oma suurim, kõige kaasavam rühm, domeenid. Väikseim rühm on liik. Alates kõige kaasavamast kuni kõige spetsiifilisemani kulgevad tasemed nii: domeen, kuningriik, perekond, klass, kord, perekond, perekond ja liik. Teie olete näiteks Eukarya Animalia Chordata Mammalia primaat Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganismid ja domeenid
Mikroorganismid on äärmiselt mitmekesised. Neid ei määratle mitte mingi konkreetne struktuur ega funktsioon, vaid lihtsalt suurus. Mikroorganismid on nii sukeldujad, et kuuluvad kõigi kolme erineva tipptaseme klassifikatsiooni alla - kõigisse kolme domeeni. Üks domeen on bakterid, teine on arheed ja lõplik on eukarya. Kõik bakterite ja arheedomeenide esindajad on üherakulised mikroorganismid. Nad on mõlemad rakud ilma membraanideta, mis eraldavad oma geneetilist materjali ülejäänud rakust - tuuma määratlevad membraanid. Seega on kõik bakterites ja arheedomeenides olevad kuningriigid, füülid, klassid, ordud, perekonnad, perekonnad ja liigid mikroorganismid.
Üherealised protistid
Eukarjad on organismid, mille rakkudes on tuum. Paljud eukarüootsed organismid on üherakulised mikroorganismid, kuid paljud teised - näiteks punapuu puud või teie - mitte. Seega on vaja täiendavaid klassifikatsioone. Eukarya domeenis olev Protista kuningriik koosneb ainult üherakulistest mikroorganismidest. Protistid on jagatud kolme erinevasse phylarühma: neli erinevat vetikat phyla, neli erinevat algloomad phyla ja kaks erinevat hallituse phyla. Kuid kõik nende phylade organismid - kõik Protista kuningriigis - on mikroorganismid.
Mikroskoopilised seened
Kuningriik Seened kuuluvad Eukarya domeeni. Osa seente seintest sisaldab mikroorganisme. Näiteks perekond Zygomycota sisaldab mikroskoopilisi leivavorme ja perekond Ascomycota sisaldab pärme ning mikroobse kultuuri kahjureid ja parasiite. Samblikud on seene ja fotosünteesiva organismi sümbiootiline kooslus - sisalduvad osaliselt seente kuningriigis ja osaliselt teistes kuningriikides või isegi muudes valdkondades.