Prokarüootsete ja eukarüootsete rakkude vahel on palju erinevusi. Mõned neist erinevustest on struktuursed, teised aga menetluslikud. Kaks prokarüootide ja eukarüootide vahel oluliselt erinevat protsessi on geeniekspressioon ja selle reguleerimine. Mõlemat tüüpi rakud transkribeerivad DNA mRNA-ks, mis seejärel muundatakse polüpeptiidideks, kuid nende protsesside spetsiifika erineb.
Asukoht
Prokarüootidel puuduvad tuumad ja muud organellid, mis on spetsialiseerunud membraaniga seotud kambrid, samas kui eukarüootidel on neid. Tegelikult tähendab sõna "eukarüoot" "tõelist tuuma". Eukarüootides paikneb raku genoom tuumas. Seega toimub transkriptsioon tuumas ja mRNA transkriptsioon eksporditakse seejärel tuuma pooride kaudu (tuuma ümbrises olevad poorid) tõlkimiseks tsütoplasmasse. Seevastu prokarüootne transkriptsioon ja translatsioon ei ole ruumiliselt ega ajaliselt eraldatud.
Transkriptsiooni algatamine
Promootorelemendid on DNA lühikesed järjestused, mis seonduvad raku transkriptsiooni initsieerimisteguritega. Prokarüootidel on kolm promootorelementi: üks, mis asub transkribeeritavast geenist ülesvoolu, teine, mis asub sellest 10 allavoolu ja teine 35 nukleotiidi allavoolu. Eukarüootidel on palju suurem promootorelementide komplekt, peamine on TATA kast. Eukarüootse transkriptsiooni initsiatsioonitegurid moodustavad initsiatsioonikompleksi, mis initsiatsiooni lõpus dissotsieerub. Prokarüootse transkriptsiooni initsiatsioonitegurid ei moodusta initsiatsioonikompleksi.
Ribosoomid
Ribosoomid on RNA-st ja valgust koosnevad translatsioonikohad, mis seonduvad raku mRNA ja tRNA-ga. Prokarüootidel on 70S ribosoomid, eukarüootidel aga 80S ribosoomid. "S" viitab settekoefitsiendile, osakese suuruse, massi ja kuju mõõtmisele. 80S ribosoom koosneb 40S ja 60S alaühikust, samal ajal kui 70S ribosoom koosneb 30S ja 50S subühikust.
Polükistrooniline mRNA
Lisaks sellele, et prokarüootidel ja eukarüootidel on erinev transkriptsiooni- ja translatsioonimehhanism, on nende geeniregulatsioon erinev. Eukarüootide reguleerimine on palju keerulisem ja tugineb sageli erinevatele tagasiside mehhanismidele, arenguprotsessidele ja keskkonnateguritele. Seevastu prokarüoodid reguleerivad terveid metaboolseid radu, mitte ei reguleeri iga ensüümi eraldi. Antud raja bakteriaalsed ensüümid asuvad raku DNA-l üksteisega kõrvuti ja transkribeeritakse üheks mRNA-ks. Seda mRNA-d nimetatakse polütsistrooniliseks mRNA-ks. Kui rakk vajab rohkem või vähem raja ensüüme, siis lihtsalt transkribeerib selle raja mRNA enam-vähem.