Geneetiliselt muundatud põllukultuuride hulka kuuluvad mais, puuvill ja kartul. Nendel taimedel on nende genoomi sisestatud Bacillus thuringiensis'e (Bt) bakterigeen. Bt geen kodeerib toksiini sünteesi, mis hävitab putukate vastsed. Teisi põllukultuure on geneetiliselt muundatud, et nad saaksid vastu pidada konkreetsele herbitsiidile. Kuigi need põllukultuurid võivad potentsiaalselt toita maailma kasvavat populatsiooni, kujutavad need tõsist ohtu ka organismide looduslikule mitmekesisusele või bioloogilisele mitmekesisusele.
Herbitsiidi kasutamine
Herbitsiidid on paljudele liikidele mürgised. Kui herbitsiidi kasutatakse kogu põllumajandusmaastikul, satuvad kahjulikud kemikaalid looduslikesse ökosüsteemidesse. Paljud usuvad, et herbitsiidiresistentsed põllukultuurid soodustavad herbitsiidide suuremat kasutamist ja kui kasutatakse rohkem herbitsiide, satub looduslikesse süsteemidesse veelgi rohkem kemikaale. Need kemikaalid tapavad kohalikke taimi, mis toidavad loomi ja nakatavad kahepaiksed, põhjustades bioloogilise mitmekesisuse vähenemist.
Välja ületamine
Kui geneetiliselt muundatud põllukultuuride geenid satuvad keskkonda, võivad need rikkuda looduslikke taimekooslusi, ohustada bioloogilist mitmekesisust ja sattuda inimeste toiduvarudesse. 2000. aasta septembris avastati Ameerika Ühendriikides takokoortest StarLink - inimtoiduks heakskiitmata Bt mais. Järgnevate kuude jooksul avastati StarLink ka erinevatest kollase maisiga toodetest, mõned neist väljaspool riiki. Alguses kahtlustati mõnda kasvatajat selles, et nad eirasid kokkuleppeid StarLinki veskitele müümata jätta. Kasvatajatega tehtud intervjuudest selgus aga, et paljud polnud kas saanud selgeid juhiseid ei müü StarLinki veskitele või öeldi, et heakskiitmata sort kiidetakse heaks saagikoristuse ajal aeg. Täpsed punktid, kus StarLink toiteliini sisenes, jäävad teadmata ja Cornelli Cooperative Extensioni Geneetiliselt muundatud organismide avalike probleemide haridusprojekt võib olla jõudnud üle poole Ameerika Ühendriikide maisist tarvikud.
Herbitsiidiresistentsus
Piirkonnad, kus põllukultuuriliigid pärinevad, on kohalike sortidega ületamise suhtes eriti tundlikud. Mehhikos, kus on üle 100 ainulaadse maisisordi, on geneetiliselt muundatud mais keelatud. Vaatamata keelule on Mehhiko maisist leitud geneetiliselt muundatud maisi geene. Taimegeneetikud U.C. Riverside on näidanud, et geenivool voolab paljudest tavapäraselt aretatud põllukultuuridest suurendab umbrohutust metsikutes sugulastes ja mõnel juhul on kultuurtaimed muutunud umbrohi. Umbrohu suurenemine on murettekitav, kui geneetiliselt muundatud taimed suudavad teiste liikidega konkureerida rohkem seemneid tootes, õietolmu või seemneid laiali hajutades või spetsiifilistes taimedes jõulisemalt kasvades keskkondades. Transgeensed päevalilled võivad anda 50 protsenti rohkem seemet kui nende traditsioonilised kolleegid teadlased on mures, et geneetiliselt muundatud taimed võivad väärtuslikud geneetilised ained järk-järgult välja tõrjuda mitmekesisus.
Bt toksiin
Geneetiliselt muundatud põllukultuuride toodetud toksiinid ohustavad bioloogilist mitmekesisust ja Sierra klubi sõnul tuleks geenitehnoloogiat pidada keskkonnaohtlikuks. Cornelli ülikooli uuring näitab, et Bt-toksiin hävitab kasulike mittesihtliikide, näiteks koide ja liblikate, vastsed. Sarnased uuringud näitavad teiste kasulike liikide, sealhulgas pits-tiibade ja lepatriinud, vähenemist. Toksiin püsib ka Bt maisi juurestikus ja taimejääkides kaua pärast põllukultuuride koristamist ja võib avaldada kahjulikke tagajärgi miljonitele mullas elavatele ja seda säilitavatele mikroorganismidele viljakus. Kui Bt toksiin seondub mullaosakestega, võib see püsida kaks kuni kolm kuud. Sellel võib olla negatiivne mõju vee- ja pinnaselgrootutele, samuti bakteriliikidel toimuvatele toitainete ringlusprotsessidele.