Peamised bakteritüübid klassifitseeriti tavapäraselt füüsikaliste tunnuste või reaktsioonide järgi erinevat tüüpi värvimisele. Molekuligeneetika tulek on võimaldanud erinevate bakterirühmade hoolikamat jagunemist. Paljud teadlased usuvad, et vana bakterite klassifikatsioon tuleks jagada kaheks või enamaks kuningriigiks.
Elusolendite kõrgeim klassifikatsioon on kuningriigid. Kunagi liigitati bakterid ühte kuningriiki, mida nimetatakse Protistaks, kuid paljud teadlased väidavad, et vana kuningriik tuleks molekulaarsete geneetiliste tõendite põhjal jagada kaheks kuningriigiks. Uuteks kuningriikideks oleksid tõelised bakterid Eubacteria ja iidsed bakterid Archaebacteria, mis tänapäeval püsivad äärmuslikes keskkondades. Mõni soovitab uut fülogeneetilist jaotust, mida tuntakse domeenide või superkingdomidena, sest arheebakterid on nii selgelt eristuvad, võiksid nad jagada kolmeks oma kuningriigiks: termofiilseks Crenarchaeotaks bakterid; Euryarchaeota, halofiilsed ja metanogeensed bakterid; ja Korarchaeota, leitud kuumaveeallikatest.
Muude bakterite kui Archaebacteria puhul on viis erinevat rippkeha, mis järgmine haru on fülogeneetiline puu. Proteobakterid on taimedega sümbiootilised ja aitavad neil atmosfäärist lämmastikku siduda. Tsüanobakterid on tuntud kui sinakasrohelised bakterid. Eubakterid on traditsiooniliselt klassifitseeritud grampositiivsed bakterid ja nende rakuseinad on teistest bakteritest erineva kihiga. Spiroheedid kasvavad spiraalsetes kolooniates. Chlamydiae on rakusisesed parasiidid.
Baktereid võib nimetada patogeenseteks (haigusi põhjustavateks) või mittepatogeenseteks. Neid võib kirjeldada ka gram-positiivsetena või gramnegatiivsetena. See viitab sellele, kas nad absorbeerivad värvi Grami värvimisega. Grampositiivsetel bakteritel puudub välimine rakumembraan ja peptidoglükaanid võimaldavad neid värvida kristallvioletega. Gramnegatiivsetel bakteritel on välimine rakumembraan, kuid neil puudub peptidoglükaanid, mis takistab nende värvimist.