Baktereid ja muid mikroobe seostatakse sageli haigustega, kuid neil on jäätmete ringlussevõtu protsessis oluline roll. Nad vastutavad orgaaniliste materjalide biolagundamise ja toitainete ringlussevõtu eest looduskeskkonnas. Lisaks sellele põhilisele rollile on mikroobid olulised ka jäätmete ringlussevõtu kääritamisetappides, nafta biolagunemine mereökosüsteemides, mis on kasulik reovee puhastamisel ja vesiniku tootmisel alternatiivenergia.
Looduslik biolagunemine
Mikroorganismid töötlevad toitaineid keskkonnas ümber, lagundades orgaanilisi materjale. Orgaanilised materjalid, näiteks loomakorjused ja puutüved, lagunevad lagunevate mikroobide toimel, mis vastutavad ka tööstus- ja olmejäätmetest vabanemise eest. Biolagunduseks nimetatud protsessi abil kasutavad mikroobid enda ellujäämiseks keskkonnas leiduvaid toitaineid ja keemilisi aineid. Nende toodete lagunemisel tekkivad toitained on keskkonnas vabalt söödavad taimi või vetikaid, mis omakorda toidavad kõiki loomi.
Kääritamine
Inimesed on iidsetest aegadest alates paljude toitude ja jookide tootmiseks kasutanud baktereid, pärme ja muid mikroobe. Leib on saadud suhkrute mikroobse kääritamise tulemusena süsinikdioksiidi tootmiseks, mis tainas vabaneb ja paneb leiva kerkima. Mikroobid on ka õlle ja veini tootmisel üliolulised, muutes suhkrud alkoholiks. Mikroobide kääritamine on ka etapp jäätmete ringlussevõtu keemilises protsessis. Aspergillus carbonarius on mikroorganism, mida kasutatakse parkimistööstuse jäätmetesse kuuluvate kroomilaastude biolagundamisel.
Nafta biolagunemine
Süsivesinikke tarbivaid mikroobe, näiteks Alcanivorax borkumensis, kasutatakse õlireostuse puhastamiseks, eriti sügavates vetes. Ajakirjas "Scientific American" avaldatud artikli kohaselt on mikroobid ainus protsess, mis lagundab mikroobid õli sügavamal vees, samal ajal kui pinnale saab rakendada füüsikalisi protsesse, näiteks aurustumist või laineid vetes. Bakterid lagundavad merevees sisalduvate ensüümide ja hapniku abil õlis sisalduvate süsivesinike ringstruktuure. Nafta tarbivad bakterid esinevad loomulikult igas maailma ookeanis, alates Arktikast kuni Antarktikani.
Energia tootmine
Õlletehase jäätmete ja muude orgaaniliste materjalide lagundamisel võivad mikroobid toota maagaasi, maagaasi põhikomponenti. Alates 2011. aasta veebruarist uurivad New Yorgi Cornelli ülikooli teadlased ka mikroobsete koosluste kasutamist vedelate biokütuste tootmiseks, edastab Science Daily. Anaeroobsed mikroorganismid, mis elavad hapnikusisaldusega keskkonnas, võivad muuta ka sõnniku ja energiakultuuride segu, näiteks:
- suhkruroog
- mais
- elektrienergiaks