Kloonimine on teadusringkondades kuum eetiline küsimus, kuid bakterid kloonivad end pidevalt. Binaarseks lõhustumiseks nimetatud protsessis kahekordistab üks bakter suuruse ja geneetilise materjali, seejärel jaguneb, et saada kaks identset rakku.
Eukarüootsete rakkude jagunemise või mitoosiga võrreldes on binaarne lõhustumine suhteliselt lihtne protsess. Esiteks kopeerib bakter oma DNA - geneetilise materjali, mis bakterites on ümmargune. DNA annab kogu identse raku loomiseks vajaliku teabe. Seejärel eraldatakse DNA raku vastaskülgedest ja raku jagunemiseks vajalikud valgud kogunevad raku keskele. Bakter kahekordistab tavaliselt rakusisese vedeliku, mida nimetatakse ka tsütoplasmaks. Valgud lõhustavad raku kaheks ja enamikus bakterites ehitatakse jagunemise lõpuleviimiseks uus rakusein.
Binaarse lõhustumise eelis bakterite vaatenurgast on see, et see on kiire ja lihtne. Haiguste tõrje ja ennetamise seisukohast on binaarne lõhustumine kasulik, kuna see lihtsustab ravimi tootmist. Bakteriaalse infektsiooni raviks on tavaliselt vaja ainult ühte ravimit, kuna kõik bakterid on identsed ja reageerivad samamoodi. Kahjuks areneb mõnel bakteril mutatsioonide kaudu ravimiresistentsus, mis muudab nakkuste ravimise palju raskemaks.