Geelelektroforees on üks peamisi meetodeid, mida molekulaarbioloogias kasutatakse DNA analüüsimiseks. See meetod hõlmab DNA fragmentide migratsiooni läbi geeli, kus need eraldatakse suuruse või kuju alusel. Kuid isegi teaduslikult põhjendatud meetod nagu geelelektroforees ei ole vigade suhtes immuunne.
Kuidas elektroforees töötab
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Geelelektroforees hõlmab geeli kasutamist, mis on tavaliselt valmistatud polümeeridest, näiteks agaroosist. Geel kastetakse puhverlahusesse, mis viib läbi elektrivälja. Huvipakkuv DNA proov fragmenteeritakse kõigepealt restriktsiooniensüümide abil ja süstitakse seejärel geeli. Elektrivälja sisselülitamisel migreeruvad geelis olevad DNA fragmendid positiivse elektroodi poole. Kui DNA fragmendid on erineva suurusega, on migratsiooniajad iga suuruse fragmendi jaoks erinevad. Seejärel visualiseeritakse fragmendid värvi või autoradiograafia abil ja need on geelis ribadena nähtavad.
Proovi saastumine
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Elektroforeesi peamine rakendus on vahend DNA analüüsimiseks molekulaarbioloogias, kuid seda kasutatakse ka kohtuekspertiisis kui kuriteopaigalt võetud proovide tuvastamise vahendit. Täpsete tulemuste saamiseks on oluline, et selle tehnika vigade allikad oleksid minimaalsed. Üks veaallikas on DNA proovi saastumine. Kui proovis on võõrast DNA-d, on geelil rohkem ribasid, kui oleks leitud geelil, mis sisaldab ainult puhastatud proovi.
Probleemid geeli, voolu ja puhvriga
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Ka vigade vältimiseks peab geeli kontsentratsioon olema õige. Kui kontsentratsioon on liiga kõrge või liiga madal, migreeruvad fragmendid kas liiga aeglaselt või liiga kiiresti. See toob kaasa vigu erinevate ribade lahendamisel. Elektroforeesi ajal tuleb jälgida, et pinge oleks püsiv. Pinge kõikumine põhjustab DNA fragmentide ebastabiilse migreerumise, mis toob kaasa vead ribade lugemisel. Puhverlahus peab olema ka õige koostisega, kuna vale pH või ioonse kontsentratsiooniga puhver muudab DNA fragmentide kuju, muutes ka nende migratsiooniaegu.
Õige visualiseerimine
•••Ingrami kirjastamine / Ingrami kirjastamine / Getty Images
Mis kõige tähtsam, geel tuleb korralikult visualiseerida. Kui proovide visualiseerimiseks kasutatud värvi või radioaktiivse sondi kontsentratsioon on liiga kõrge, on saadud pilt väga sassis, kuna visualiseeritakse ka jääkfragmente. Kui geeli kontsentratsioon on liiga madal, siis visualiseerimist ei toimu. Kui kõigi etappide jooksul on järgitud õigeid protsesse, annab geelelektroforees täpsed tulemused, mida saab väga kindlalt kasutada. Nagu kõigi teaduslike protseduuride puhul, võib ka geelelektroforeesil esineda vigu, kuid neid saab nõuetekohase ettevalmistamise ja käsitsemise abil minimeerida.