Vastavalt Valence-Shelli elektronide paaride tõrjumismudelile, mis on keemikute seas laialt aktsepteeritud alates selle väljatöötamisest 1950. aastatel, elektronipaaride vaheline tõrjumine vormib molekuli nii, et vähendaks tõrjuvat energiat või maksimeeriks kaugust need paarid.
Pärast molekuli Lewise punktistruktuuri mustandit, mis kasutab valentsi või väliskesta arvu tuvastamiseks punkte, igal aatomil on elektronid, siis saate kokku lugeda siduvate ja mittesiduvate elektronrühmade arvu, mis ümbritsevad tsentraalne aatom. Need paarid paiknevad valentskesta ümber nii, et saavutataks võimalikult kaugem vahemaa neid, kuid ainult siduvad elektronpaarid või aatomiga seotud elektronid aitavad molekuli lõplikku osa anda kuju.
Molekul, millel on kaks siduvat elektronipaari ja millel puuduvad mittesiduvad paarid, näiteks süsinikdioksiid, oleks lineaarne. Kui vee ja ammoniaagi molekulid sisaldavad mõlemad nelja valentset kesta elektronrühma, siis veemolekul sisaldab kahte ja kaks mittesiduvat molekuli elektronpaarid, mille tulemuseks on v-kujuline molekul, kuna kaks vesinikuaatomit sunnitakse üksteisele lähemale, et arvestada kahe mittesiduva paari elektronid. Ammoniaagimolekul sisaldab aga kolme siduvat elektronipaari, ühe iga vesiniku aatomi kohta, ja annab seega trigonaalse püramiidi kuju.