Ioonivahetust kasutatakse veetöötluses laialdaselt nii tööstuslikes kui ka munitsipaalveepuhastussüsteemides. Protsess pakub teiste ravimeetoditega võrreldes palju eeliseid. See on keskkonnasõbralik, suudab tagada töödeldud vee suure voolukiiruse ja madalate hoolduskuludega. Nende eeliste kõrval on ioonivahetusega seotud teatud puudused, näiteks kaltsiumsulfaadi määrdumine, raud saastumine, orgaanilise aine adsorptsioon, vaigu orgaaniline saastumine, bakteriaalne saast ja kloor saastumine.
Katioonvaigu jaoks on kõige tavalisem regenereerija (vaigu laadimiseks kasutatav kemikaal) väävelhape. Mõni äärmiselt kõva vesi sisaldab suures koguses kaltsiumi ja kui see kaltsium reageerib regenereeriva väävelhappega, moodustab see regenereerimisprotsessi käigus sadestisena kaltsiumsulfaadi. See sade võib vaigust helmeid rikkuda ja võib anumas torusid blokeerida.
Maa-alustest veeaukudest pärit toitevees on raud iooni kujul lahustuvat rauda. Ioonivahetuspehmendajad eemaldavad selle raua väikestes kogustes, kuid kui see toitevesi puutub enne töötlemist õhuga kokku, muudetakse rauaioonid rauioonideks. Need raudioonid sadestuvad pärast veega reageerimist raudhüdroksiidina. See ühend võib ummistada vaiguhelmeid ja mõjutada vaigu efektiivsust. Selle tulemuseks võib olla isegi pehmenduskolonni rike.
Järvedest ja jõgedest pärit söödavesi sisaldab tavaliselt suures koguses lahustunud orgaanilist ainet. Selle söödavee kollane või pruun värvus on tingitud lagunenud taimestikust ja muust selles leiduvast orgaanilisest ainest. Need orgaanilised ained võivad vaigu helmestes püsivalt adsorbeeruda, mille tulemuseks on vaigu efektiivsuse vähenemine. Seega halveneb puhastatud vee kvaliteet. Need orgaanilised saasteained saab enne vaiguga töötlemist eemaldada, töödeldes toitevett alumiiniumiga orgaanilise aine sadestamiseks.
Ioonivahetusvaik ise võib mõnikord saada orgaanilise saastatuse allikaks. Uuel ioonivahetusvaigul on pärast vaigutamist vaigiteradesse jäänud orgaanilisi elemente. Sellist vaigu saastumist saab ravida töödeldud vee juhtimisega läbi ultrafiltreerimisjaama.
Ioonivahetusvaigud ei eemalda söödaveest selliseid mikroorganisme nagu bakterid, kuid mõnikord aitavad bakterite kasvu. Vaigukihtidesse võivad koguneda orgaanilised ained, mis on toitainete allikaks bakterite jätkuvat kasvu. Kui pärast töötlemist on vaja steriilset vett, tuleb ioonivahetuspuhastis toodetud demineraliseeritud vett töödelda kuumuse, ultraviolettkiirguse või väga peenfiltrimisega. Ioonivahetusvaiguvaike saab töödelda ka desinfektsioonivahenditega, näiteks formaldehüüdiga, kuid mitte kuumuse ega klooriga, kuna need kahjustavad vaiku.