Isegi kui koobaste sügav ja pime keskkond näib, et nad ei suuda kunagi taimede elu toetada, arenevad selles keskkonnas teatud tüüpi taimestikud. Koopad on enamasti niisked ja konstantse temperatuuriga - ökoloogiaga, mis sobib ideaalselt sellistele taimedele nagu seened, samblad ja vetikad. Taimed võivad kasvada isegi elektrituledes, mille inimesed koobastega tutvumiseks kaasa toovad.
Koobastsoonid
Koopad on jagatud kolmeks tsooniks: sissepääs, hämarus ja pime. Sissepääsutsoonis on endiselt palju valgust, et toetada mitut tüüpi taimi, näiteks puid ja heintaimi. Hämaravööndis suudab osa valgust tungida, kuid sellest ei piisa enamiku taimeliikide toetamiseks. Kuid mõned taimed suudavad selles tsoonis ellu jääda, näiteks samblad ja sõnajalad. Pimedas tsoonis pole looduslikku valgust ja see võib toetada ainult kõige vastupidavamaid taimi, nagu seened ja vetikad.
Taimed Videviku tsoonis
Valguse hulga vähenemisega väheneb ka taimeelu suurus ja keerukus. Nii et kui sissepääsuvööndis võivad kasvada õistaimed, siis hämaravööndit tähistavad tavaliselt samblad ja sõnajalad. Selles koopa piirkonnas elavatel taimedel on välja töötatud kohandused, mis võimaldavad neil elada nii vähese valguse tingimustes. Üks selline kohanemine on see, et nende kloroplastid, päikesevalgust püüdvad taimes olevad molekulid, kogunevad kõik valgusallikale kõige lähemal asuva raku serva.
Taimed pimedas tsoonis
Kuigi pimedas tsoonis pole peaaegu valgust, võivad taimed siiski kasvada. Eriti on seened osavad elada nendes pimedates kohtades. Seened arenevad eriti hästi, sest koopad on täis toitaineterikast nahkhiireguanot, mis on ideaalne pinnas seentele. Vetikad võivad elada ka koobaste kõige pimedamates kohtades. Fotosünteesi asemel võivad need vetikad oma energia tootmiseks kasutada erinevat metaboolset rada.
Lampenflora
Taimed võivad kasvada ka elektrituledega varustatud koobastes. Need lambenflora nime all tuntud taimed kipuvad olema vähem erksavärvilised ja mõnevõrra moondunud. Tüüpiliselt on lambenflora samblad, sõnajalad ja vetikad. Koobastes, mida pidevalt valgustavad lambid, võivad need invasiivsed taimed põhjustada koopa looduslikule struktuurile või muule eelajaloolisele seinakunstile probleeme. Oma kahjustava olemuse tõttu kontrollitakse lambenfloorat tavaliselt füüsikaliste, keemiliste ja bioloogiliste meetoditega.