Isegi teadlased pole sajaprotsendiliselt kindlad, kuidas ametüstgeoodid moodustuvad - või kuidas mõni geood moodustub. Pole palju uuritud, sest geoodid on lihtsalt lõbusad teaduslikud anomaaliad, millel on vähe, kui üldse, teaduslikku kasu. Need on kivid, mis tunduvad väljastpoolt lihtsad, kuid avamisel paljastavad keskel õõnsate kristallidega täidetud õõnsused. Üldine teaduslik konsensus on see, et ametüstgeoodid luuakse kaheastmelise protsessina. Esiteks moodustub õõnsus ja seejärel kristallid.
Ametüstgeood on õõnes kivim, mille siseseinu vooderdavad ametüstikristallid, nii et kõigepealt tuleb moodustada õõnsus. See võib juhtuda kõikjal, kus on või oli laava maapinna lähedal. Seetõttu võib ametüstigeode leida kogu maailmas tuhandetes kohtades. Ametüstgeode tekitava loodusprotsessi esimene etapp on gaasiõõnsuste moodustumine laavas. Mullidest võivad tekkida gaasiõõnsused (nagu karboniseerumine põhjustab teie soodas mullid). Mõned teadlased väidavad, et õõnsused võivad tekkida ka siis, kui puujuurte lähedal voolab jahutav laava või muu maa seest välja paistev asi. Jahutav laava kõvastub täielikult enne paljandi ümbruse täitmist, tekitades õõnsuse.
Seejärel täidetakse õõnsused ränidioksiidirikka vedelikuga, mis sisaldab jälgi rauda. Aja jooksul moodustub sellest vedelikust kristallid - ametüsti kuuepoolsed püramiidid (rhombohedronid). Kristallid, mille värvus ulatub helelillast sügavlillani, tekivad siis, kui vedelikus on rauajälgi, mille tulemuseks on ametüstgeoodid.