Kahepaiksete paljunemisel on kalade omaga rohkem ühist kui imetajatel või isegi roomajatel. Kuigi kõik need loomad paljunevad sugulisel teel (see tähendab, et liik koosneb meestest ja emastest ning paaritumine hõlmab loomade viljastamist) munarakud seemnerakkude kaudu), roomajad ja imetajad paljunevad sisemise viljastamise teel (emase sees), samas kui kahepaiksed viljastamine.
Kahepaiksete paaritumine peab peaaegu alati toimuma magevees. See koosneb isase ja emase konna ühendamisest ning sel ajal muneb emane, samas kui isane vabastab sperma. Viljastatud munarakud jäävad mõlemad vanemad nüüd üksi. Haudunud noored jäävad ise ellu.
Kahepaiksete munad on enne koorumist kaitstud želeesarnase ainega, erinevalt roomajate ja lindude kõvast või poolkõvast kestast.
Välja arvatud mõned vihmametsade konnaliigid, ei hauda kahepaiksetest vanemate pisikesi koopiaid. Selle asemel läbivad nad eluetapi kullesena, mis on kalalaadne ning millel on vett hingavad lõpused ja uimed. Need funktsioonid vabanevad lõpuks ja asenduvad õhku hingavate kopsude ja jalgadega, kui kullesest areneb noor täiskasvanu.