Nagu enamus Maa eluloomi, säilib savanni ökosüsteem keskkonnategurite ja erinevate liikide, sealhulgas inimeste, delikaatses tasakaalus. Raske põud võib neilt rohumaadelt röövida nende eluandva vee ja lehestiku, salakütid ja põlisrahvad ähvardavad sageli toiduvõrku häirida loomade tapmise tõttu spordi või ellujäämine.
Inimtegevus
Inimtegevus võib tõsiselt ohustada savanni ökosüsteemide rikkumist. Säästmatu veekasutus ja niisutusmeetodid võivad elujõulised jõed ja veeaugud kokku kuivada. Piirkondades, kus põliselanikud lisavad regulaarselt põõsas liha - metsaliha -, on kabiloomade populatsioon märkimisväärselt vähenenud. Mõnd savanni elusloodust jahitakse ka trofeedena; Eriti musti ninasarvikuid jahitakse nende väärtuslike sarvede pärast. Isegi mõned taimeliigid on oma kaubandusliku väärtuse tõttu üle koristatud. Savannipuust Aafrika Blackwoodist valmistatud nikerdusi müüakse sageli turistide turgudel.
Põud ja tugev karjatamine
Pikaajaline, tugev põud mõjutab ohtlikult savanni ökosüsteemi, karjatamismustrid võimendavad seda mõju. Tugeva põua ja karjatamise kombinatsioon võib muuta peamiselt söödavate mitmeaastaste heintaimede rohumaaks savanniks, milles domineerivad mittesöödavad kõrrelised ja taimed. Kergelt karjatatud rohumaad säilitavad maitsvate püsilillede kvaliteedi, kuid taimeliikide koosseisu võiks siiski muuta. Eksperdid on nõudnud põua ajal karjatamise haldamise lahendusi, et mõjutada potentsiaalsete muutuste suunda rohumaade jätkusuutlikkusele.
Kõrbestumine
Troopilised savannid piirnevad sageli kuivade, kõrbealadega ja kõrbetaoliste olude levikut kuivadele rohumaadele nimetatakse kõrbestumiseks. See oht savanna ökosüsteemile hõlmab kliimamuutustest, põllumajandustavadest, ülekarjatamisest, agressiivne põllumajanduslik niisutamine, mis alandab veetaseme taset eemal taimejuurtest, metsade hävitamisest ja erosioon. Igal aastal muutub üle 46 000 ruutkilomeetri Aafrika savann kõrbeks. Põuakindlate taimede istutamine võib stabiliseerida nihkuvaid liivaluiteid ja alustada täiendava taimestiku vohamist.
Süsinikdioksiidi heitkogused
2012. aasta uuringus omistati puittaimede massi suurele kasvule „CO2 väetamisefekt”. Autorid väitis, et puittaimede kasvu kiiruse põhjustas atmosfääri süsiniku suurenemine dioksiid. Puude ja põõsaste hulga dramaatiline suurenemine võib ohustada kogu savanni ökosüsteemi, kuna need taimed kasutavad rohkem vett kui kõrrelised. Looduskaitsjad Namiibias on teatanud, et puittaimed on takistanud nii antiloopi kui ka neid jahivad gepardid - areng, millel võib olla tundmatuid tagajärgi kogu maailmas rohumaad.
