Ükski ökosüsteem pole täielikult setetest vaba. Veekeskkonnas võib selle olemasolu ohustada ökosüsteemide tervist. Sete võib vett hägustada, mis omakorda võib negatiivselt mõjutada nende kohtade taimi ja loomi. Samuti võib sõltuvalt sette tüübist tekkida täiendavaid probleeme. Sellel võib olla nii orgaanilisi kui ka anorgaanilisi allikaid, olgu selleks siis vees hõljuvad vetikad või erodeerunud rannajoonelt suspendeeritud pinnaseosakesed.
Setete saastumine
Sete üks peamisi negatiivseid mõjusid ökosüsteemis puudutab sette olemust. Põllumajanduslik ja linnavool võib sisaldada mürgiseid materjale, mis võivad kahjustada või isegi tappa ökosüsteemi organisme. USA keskkonnakaitseagentuuri (EPA) andmetel on põllumaade äravool USA veeteede peamine reostuse põhjus. Äravool võib hõlmata pestitsiidide ja väetiste kasutamisel tekkinud setteid, samuti loomseid jäätmeid ja baktereid.
Filtrisööturid
Mõni loomaliik on sette mõju suhtes eriti tundlik, saastumine koguneb loomakudedesse kiiresti. Filtrisööturid, näiteks rannakarbid ja karbid, saavad toitu vee filtreerimisega läbi keha, muutes need setete olemasolu suhtes eriti haavatavaks. Teised liigid, näiteks lõhe, vajavad saagi leidmiseks selget vett. Kõrge suspendeeritud sette tase võib häirida nende võimet toitu leida, ohustades ökosüsteemi tervist, rikkudes saaklooma ja kiskja suhteid.
Märgalad ja vee filtreerimine
Märgalad mõjutavad ökosüsteemi settekoormust aeglustades veevoolu, mis võimaldab hõljuvatel osakestel langeda maapinnale. See filtreerimine on keskkonnale oluline eelis, kuna see eemaldab veest sette. Sisuliselt lukustub sete, olenemata sellest, kas see sisaldab saasteaineid, märgalade settekihti. Seejärel leevendatakse saasteainete mõju.
Pinnase erosioon
Üks viis setete sattumisest ökosüsteemi on mulla erosiooni kaudu. Palja pinnase kohal voolav vesi tõrjub sette kergesti välja, kus see hiljem keskkonda ladestub. Mitteläbilaskvad pinnad, nagu teed ja parklad, hõlbustavad mulla erosiooni. Ilma taimedeta, et seda aeglustada, suureneb veevool, mis võimaldab tal süveneda ojakallastesse.
Ennetamine / lahendus
Parim viis setete negatiivsete keskkonnamõjude kontrollimiseks on vältida selle sattumist keskkonda. Tiheda pinnakatte istutamine piki ojakaldaid ja rannikualasid aitab hoida mulda puutumatuna ja takistab nende mahapesemist. Märgalade taastamine lammidel ja muudel aladel parandab veekvaliteeti, eemaldades veest hõljuva sette.