Elu on õitsenud Costa Rica vihmametsades ja merekeskkondades (üks 20-st kõigist taime- ja loomaliikidest võib leida Costa Rica), kuid Rahvusvahelises Looduse ja Loodusvarade Kaitse Liidus on seal ka üle 100 liigi ohustatud liike nimekirja. Metsade hävitamine, elupaikade muutmine ja reostus on paljude liikide nõrgenemise taga.
Imetajad
Costa Ricas on üks rikkamaid nahkhiirte populatsioone maailmas, mis koosneb poolest imetajate populatsioonist. Nimekirjas olevad nahkhiireliigid ulatuvad suurest röövellikust spektraalhiirest kuni Hondurase valge nahkhiireni, pikkus on vaid umbes 37–47 mm, kuigi mõlemad on madala riskiga. Nende juurest on taga aetud selliseid kasse nagu väike täpiline kass, Costa Rica puuma ja Kesk-Ameerika jaaguar elupaiku ja puuvillast tamariini, mantliga ulgumist ja Geoffroy ämblik-ahvi primaate on oluliselt vähendatud. Teiste ohustatud imetajate hulka kuuluvad hiiglaslik sipelgateen, Sambari hirv ja Bairdi tapiir.
Linnud
Costa Ricas elab 894 linnuliiki, rohkem kui USA-s ja Kanadas kokku. Neist üle 600 on alalised elanikud, sealhulgas ohustatud palja kaelaga vihmavarjulind, must guan ja sinikuldne tanager, kuid linnud nagu hiirevibu ja elegantne tiir on rändavad. Kookose saare vint elab Kookose saarel 360 miili kaugusel Costa Rica rannikust. See on ainus Darwini vintske, mis pole Galápagose saartel täielikult endeemiline. Muude ohustatud lindude hulka kuuluvad sellised tuttavad liigid nagu kotkas (must-üksikkotkas), ara (suur-roheline ara), koolibri (mangroov-koolibri) ja papagoi (punase esiosaga papagoi).
Roomajad ja kahepaiksed
Viie kiilusega okassaba iguaan ja kitsasillaline mudakilpkonn on mõned roomajad, kes on ohustatud, kuid neid on veel palju ohustatud kahepaiksed, kellest enamik on konnad või salamandrid, mida vihmametsades esindab tavaliselt suur mitmekesisus keskkondades. Leemurilehekonn ja Starretti treefrog on loetletud kriitiliselt ohustatud. Nii on ka El Empalme ussisalamander ja kaks kärnkonnaliiki: pico blanco-kärnkonn ja mööduvad päkapikk-kärnkonn. Monte Verde kuldkärnkonda pole nähtud alates 1989. aastast ja seda peetakse väljasurnuks.
Kala
Enamik ohustatud liikide nimekirja kantud Costa Rica kaladest on kas peaaegu ohustatud või haavatavad. Nende hulka kuuluvad oliivigrupp, Vaikse ookeani merihobu ja kroonhai. Nimekirjas on ka mitmeid kiire, näiteks härjasilmade elektrikiir Vaikse ookeani piirkonnas ja kownooskiir Atlandil.
Selgrootud
On mitmeid ohustatud varjuemandaid, putukaid, kes näevad välja sarnased sudukestega. Nende hulka kuuluvad musta seljaga, piklikud, chiriquita, kakao ja reventazoni liigid. Paljud teised ohustatud putukad on nööpnõelaga draakonid nagu limon, küür, catago, vulkaan, alajuela ja sarvedega liigid. IUCNi nimekirja pääsesid ka kaks mageveekrabi liiki ja mitu merekoralli.
Taimed
Costa Ricas on teada üle 9000 taimeliigi. Ohustatud taimede hulka kuuluvad liblikõieliste sugukonna esindajad, näiteks abarema ja lancepod, millest viimane on oma nime saanud oma lance-sarnase vilja tõttu. Samuti on 24 õistaime eugeenia liiki, üheksa aroomitaime quararibea ja kaks perekonna virola liiki, mis on tihedalt seotud muskaatpähkliga ja millel on kirbad kollased õied lõhn. Teiste suuremate ohustatud perekondade hulka kuuluvad korallpuu, lehvipalmi krüosofila ja igihaljas või kuivaperioodiline lehtpuu seeder. Costa Rica jatropha, manilkara puu ja gavilán blanco puu on konkreetselt ohustatud taimeliigid.