Kuigi loodusjõud võivad loomapopulatsiooni hävitada või kurnata, on inimese tegevus üha enam ohustanud suurt hulka loomi. On tõsi, et mõned loomad ja taimed, eriti kodustatud loomad, näiteks põllukultuurid, kariloomad ja lemmikloomad, on inimese maailmast tehtud muudatustest kasu saanud ja isegi õitsenud. Mõnele loomapopulatsioonile on nende muutuste tagajärjel pandud tohutu surve ja mõnel juhul langeb populatsioon oluliselt madalamale tasemele. Väikesed populatsioonid või piiratud levikuga organismid on põhjustavate tegurite suhtes äärmiselt tundlikud ohtu, sõltumata sellest, kas toetutakse selle sõna tavalisele tähendusele või selles sisalduvale ohustatud liigi määratlusele föderaalseadus.
Elupaiga kaotus
Ohustatud loomade üks olulisemaid põhjuseid on elupaikade kadumine. Kui looduslikud jõud (kliimamuutused, geoloogilised muutused) võivad elupaiga kaotada, siis suur osa tänapäeval kaotatud elupaigast tuleneb inimtegevusest. Tammide, maanteede, kanalite ehitamine, linnastumine ja põllumajandus mõjutavad dramaatiliselt kohalike ökosüsteemide elanikke. Isegi kui ökosüsteemi osad jäävad puutumatuks, luues „saari“, võib tekkiv elupaik olla liigi toetamiseks liiga väike või hajutatud.
Invasiivsed liigid
Invasiivsed liigid on üks peamisi loomade ohustatud biootilisi põhjuseid. Paljud uude ökosüsteemi saabuvad liigid on halvasti kohanenud ja surevad kiiresti. Kuid mõned liigid suudavad ökosüsteemi ära kasutada kohalike organismide kahjuks. Väikseid ökosüsteeme, näiteks saartel, mõjutab invasiivsete liikide sissetoomine märkimisväärselt, kuid isegi kohalikud mandri - ja ookeanipopulatsioonid võivad konkurentsi või kiskluse tõttu hävitada sissetungija.
Ressursside ülekasutamine
Konkreetse kalaliigi ülepüük on loomale ilmselge ja otsene oht. Kuid konkreetse liigi liigkasutamine võib kahjustada (või kasu saada) ka teistele ökosüsteemi organismidele. Näiteks tõi kaasa mure, et California meresaar hävitas ahviliste populatsiooni meresaarade valimatu tapmine, muutes mitme inimese vahelise biootilise konkurentsi tasakaalu organismid. Merisaarade arvu vähenemine põhjustas merisiilide populatsiooni plahvatuse, mis karjatas pruunvetika trümmi paastudel. Kui pruunvetikas murdus põhjast lahti ja uhtus kaldale, pandi pruunvetika metsadest sõltuvad organismid suurema koormuse alla.
Patogeenid ja haigused
Kodustatud loomade levik on levitanud nendega seotud haigusi ka maailma uutesse piirkondadesse. Mõnel juhul nakatasid haigused põliselanikke, kellel oli sissetungiva patogeeni suhtes vähe vastupanu. Need haigused võivad kohalikus elanikkonnas saavutada epideemia taseme, vähendades nende arvu.
Keskkonnareostus
Saaste mitmes vormis on ohustanud paljusid loomi. Ökosüsteemi viidud pestitsiidid ja muud kemikaalid võivad märkimisväärselt kahjustada sihtimata liike. Näiteks sääskede vastu võitlemiseks kasutatud DDT oli lõpuks seotud lindude paljunemissageduse langusega. Muud saaste vormid, nagu termiline, valgus- ja mürasaaste, võivad mõlemad vähendada kohalike loomapopulatsioonide ellujäämismäära.