Nachdem Sie DNA-Proben auf einem Agarosegel analysiert und ein Bild gemacht haben, können Sie das Bild für später speichern, um die Ergebnisse zu analysieren und zu interpretieren. Welche Art von Dingen Sie suchen, hängt von der Art Ihres Experiments ab. Wenn Sie beispielsweise DNA-Fingerabdrücke durchführen, möchten Sie die Größe von DNA-Stücken von zwei Proben vergleichen – von dem Verdächtigen und vielleicht von einer Probe am Tatort. Wenn Sie dagegen mit Plasmiden aus Bakterien arbeiten, müssen Sie möglicherweise sicherstellen, dass das Plasmid das Insert enthält. Folglich hängt die Interpretation Ihres Gels teilweise von dem von Ihnen durchgeführten Experiment ab. Dennoch gibt es einige allgemeine Regeln, die Sie anwenden können.
Beachten Sie, dass Sie die Anweisungen in diesem Abschnitt möglicherweise nicht verwenden müssen. Agarosegelelektrophorese wird oft verwendet, um zu bestätigen, dass ein Plasmid ein bestimmtes Insert enthält. Wenn Sie nicht mit Plasmiden arbeiten, können Sie diesen Abschnitt überspringen. Wenn Sie es jedoch sind, können Sie diese Anweisungen befolgen.
Beachten Sie, dass Sie, wenn Sie mit ungeschnittenen oder genickten Plasmiden arbeiten, die Größe nicht mit dem Verfahren aus Abschnitt 1 oben schätzen können. Das liegt daran, dass ungeschnittene und genickte Plasmide mit unterschiedlichen Geschwindigkeiten von linearer DNA wandern.
Vergleichen Sie die Anzahl der Bänder in jeder Spur. Denken Sie daran, dass ein Restriktionsenzym DNA an Stellen schneidet, an denen eine bestimmte Sequenz, die als Restriktionsstelle bezeichnet wird, auftritt. Wenn eine Probe mit ZWEI Restriktionsenzymen behandelt wurde, sollten beide eine Bande für das Insert und eine Bande für den Rest des Plasmids vorhanden sein. Das liegt daran, dass das Insert von zwei Restriktionsschnittstellen flankiert wird, jede für ein anderes Enzym, sodass Schnitte an beiden dieser Stellen das Insert vom Plasmid befreien. Ein Schnitt an nur einer Stelle hingegen wandelt das Plasmid in lineare DNA um. Ein Probenschnitt ohne Restriktionsenzyme oder ein Restriktionsenzym sollte dann eine einzelne Bande aufweisen, während ein Probenschnitt mit zwei Restriktionsenzymen zwei Banden aufweisen sollte.
Halten Sie Ausschau nach Banden, die durch eingeschnittene Plasmid-DNA erzeugt wurden. Ein Nicked-Plasmid hat nur einen Schnitt in einem Einzelstrang, daher wandert es langsamer als ein geschnittenes Plasmid. Geschnittene Plasmide wandern wiederum langsamer als ungeschnittene DNA.
Schätzen Sie die Größe des Einsatzes mit dem in Abschnitt 1 beschriebenen Verfahren ab und stellen Sie fest, ob er Ihren Erwartungen entspricht (die je nach Experiment variieren).
Dinge, die du brauchen wirst
- Bleistift
- Papier
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- Bild von deinem Gel
- Herrscher