Bakterien werden oft als die einfachsten Lebensformen angesehen und bilden eine vielfältige Gruppe von Organismen. Die Vielfalt der Bakterien hat dazu geführt, dass diese Gruppe in zwei Lebensbereiche unterteilt wurde, die Eubakterien und die Archaeen. Trotz dieser Diversität teilen Bakterien eine Reihe von Eigenschaften, insbesondere haben sie prokaryontische Zellen. Darüber hinaus gibt es eine Reihe von Eigenschaften wie die Zellwandzusammensetzung, die unter den Eubakterien weit verbreitet ist und Archaeen, obwohl die Existenz einiger Bakterien ohne diese fast allgegenwärtigen Eigenschaften ihre Vielfalt.
Einzellig
Das vielleicht einfachste Merkmal von Bakterien ist ihre Existenz als einzellige Organismen. Während die meisten Bakterien, Archaeen und Eubakterien gleichermaßen, ihren gesamten mikroskopischen Lebenszyklus als unabhängige Single verbringen Zellen, einige wie die im Boden lebenden Myxobakterien bilden im Laufe ihres Lebens mehrzellige Fruchtkörper bodies Zyklus.
Fehlende Organellen
Eukaryontische Zellen, wie die von Pflanzen, Tieren und Pilzen, besitzen einen membrangebundenen Zellkern, der die DNA der Zelle vom Rest der Zelle kompartimentiert. Andere Funktionen innerhalb dieser Zellen werden auch in spezialisierte membrangebundene Organellen wie Mitochondrien für die Zellatmung und Chloroplasten für die Photosynthese sequestriert. Bakterien fehlen ein Zellkern und komplexe Organellen in ihren Zellen. Dies soll nicht heißen, dass Bakterien keine interne Organisation besitzen, da ihre DNA oft in einen als Nukleoid bekannten Bereich der Bakterienzelle eingeschlossen ist. Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass das Nukleoid nicht durch eine Membran physisch vom Rest der Zelle getrennt ist.
Plasma Membran
Während Plasmamembranen in anderen lebenden Zellen üblich sind, sind diese Membranen kein Merkmal von Bakterien. Das Fehlen innerer Organellen verdrängt viele Funktionen, die in eukaryotischen Zellen vorkommen, auf die Plasmamembran von Bakterien. Durch spezielle Einfaltungen der Plasmamembran können beispielsweise photosynthetische Bakterien die lichtabhängige Photosynthesereaktionen, die photosynthetische Eukaryoten an den Thykaloidmembranen innerhalb der Chloroplasten.
Zellwände
Eine Peptidoglycan-Zellwand ist ein gemeinsames Merkmal von Eubakterien. Diese Zellwand umhüllt die Bakterienzelle, sorgt für Festigkeit und verhindert das Aufbrechen in wechselnden Umgebungen. Einer der grundlegenden Tests zur Identifizierung von Bakterien ist die Gram-Färbung, die kategorisiert Eubakterien als Gram-positiv oder Gram-negativ basierend auf der Fähigkeit der Zellwand, Kristalle zurückzuhalten violetter Farbstoff. Die Zellwand ist das Ziel des Antibiotikums Penicillin und seiner Derivate. Penicillin hemmt die Zellwandbildung und kann die Wände zerstören, insbesondere bei schnell wachsenden und sich vermehrenden Bakterien. Nochmals die Diversität innerhalb dieser Gruppe unterstreichend, besitzen nicht alle Eubakterien eine Peptidoglycan-Zellwand. Der Zellwand von Chlamydien fehlt Peptidoglycan. Mykoplasmen haben keine Zellwand. Auch Archaeen besitzen eine Zellwand, verwenden aber andere Substanzen als Peptidoglycan.
DNA
Die in Biologielehrbüchern oft grafisch dargestellten multiplen, linearen Chromosomen sind spezifisch für Eukaryoten. Umgekehrt besitzen sowohl Archaeen als auch Eubakterien ein einkreisiges Chromosom und eine viel kürzere DNA-Sequenz als bei Eukaryoten. Die kürzere DNA-Sequenz kann teilweise durch die vergleichsweise reduzierte Komplexität von Bakterienzellen erklärt werden, aber auch resultiert aus der reduzierten Anwesenheit von Introns – Segmenten eines Gens, die während der Translation der DNA in. entfernt werden Protein. Das bakterielle Genom wird durch kleinere DNA-Fragmente, die als Plasmide bekannt sind, erweitert, obwohl diese nicht nur bei Bakterien vorkommen und auch in Eukaryoten vorkommen. Plasmide werden innerhalb der Bakterienzelle unabhängig vom Bakterienchromosom repliziert und können zwischen verschiedenen Bakterienorganismen ausgetauscht werden. Plasmide können der Wirtszelle Attribute wie Antibiotikaresistenz verleihen.