Nadelbäume weisen zwei Arten von Zapfen auf: den Pollenkegel und den Samenkegel. Einige Nadelbäume haben beide Zapfentypen am selben Baum, wodurch es dem Baum möglich ist, sich selbst zu bestäuben. Fremdbestäubung tritt auf, wenn ein Baum nur Samenkegel produziert und daher durch Pollen befruchtet werden muss, die von Pollenkegeln, die sich auf anderen nahe gelegenen Bäumen befinden, zu den Samenkegeln wandern.
Pollenkegel sind charakteristischerweise kleiner und breiter als Samenkegel. Pollenzapfen neigen dazu, zu verdorren und zu sterben, sobald der Pollen in den Zapfen freigesetzt wurde, um die Samenzapfen zu befruchten. In der Ruhephase kann eine Nadelbaumknospe männlich, weiblich oder vegetativ sein. Die Unterscheidung zwischen den Knospenarten in diesem Stadium ist nur durch Sektion möglich. Ein Hinweis, der bei der Identifizierung von Pollenkegeln helfen kann, ist der Standort. Samenzapfen neigen dazu, sich weiter oben im Baum zu entwickeln, um die Verbreitung zu unterstützen, sobald die Samen bestäubt sind.
Saatkegel werden häufig zur Identifizierung von Baumarten verwendet, da sie über einen längeren Zeitraum auf oder unter dem Baum verbleiben. Die schlanken Samenkegelknospen schwellen für vier bis sechs Wochen an, bis die roten oder grünen Eischalen hervortreten. Die Schuppen neigen dazu, sich von der Zapfenbasis aus aufrecht zu falten und dann nach unten zu hängen, nachdem sie den Pollen von den Pollenzapfen aufgenommen haben, um die Samenentwicklung einzuleiten und die Zapfenreife zu signalisieren.
Einige Nadelbäume haben weder Pollen noch Samenzapfen. Stattdessen produziert der Baum Früchte, die die Samen teilweise bedecken. Die kanadische Eibe ist ein Beispiel für einen Aril-produzierenden Nadelbaum, der eine fleischige Hülle enthält, um die Samen des Baumes zu enthalten. Um übermäßigen Samenverlust durch Tier- und Vogelräuber zu verhindern, die sich möglicherweise von den Frucht der Eibe, dieser Baum hat sich so angepasst, dass seine Frucht giftig ist und die Samen übrig bleiben ungestört.
Zapfentragende Koniferen oder Pinophyta werden als Gymnospermen (nackte Samen) klassifiziert, da ihre Samenanlagen und Samen nicht in den Eierstöcken eingeschlossen sind oder sich in schützenden Fruchthüllen befinden. Wenn ein Nadelbaum sowohl Pollen- als auch Samenzapfen auf demselben Baum hat, wird er weiter als diploider Sporophyt klassifiziert. Sobald sich die Samen nach der Bestäubung gebildet haben, öffnen sich die Schuppen des Kegels, um die Samen zur Verbreitung durch Wasser, Wind und die Bewegung von Mensch und Tier freizugeben.