Weibliche Eichhörnchen vermehren sich, indem sie sich paaren und lebende Junge gebären. Sie sind in der Lage, den Paarungsprozess im Alter von einem Jahr zu beginnen. Die erste Paarungszeit beginnt im Spätwinter, meist gegen Ende Februar. Die Saison kann bis Mai dauern. Die zweite Paarungszeit findet am Ende des Frühlings statt und dauert bis in den Spätsommer. Die meisten Eichhörnchenarten haben zwei Würfe; eine am Ende des Frühlings und eine am Ende des Sommers. Manche Arten tragen nur einmal im Jahr wenig. Die Babyeichhörnchen werden Kätzchen genannt.
Weibliche Eichhörnchen verströmen einen starken Geruch, den das männliche Eichhörnchen wahrnehmen kann. Sobald das männliche Eichhörnchen das Weibchen wittert, wird er es mit hoher Geschwindigkeit durch Bäume jagen. Er wird auch mit seinen Pfoten laut auf die Rinde des Baumes schlagen. Wenn mehr als ein Männchen ein Weibchen jagt, versuchen die Männchen oft auch, sich gegenseitig zu verjagen. Dies führt zu einer erstaunlichen Akrobatik durch die Bäume. Das Weibchen wählt das stärkste Männchen zur Paarung. Sie wird ihn von diesem Tag an wiedererkennen und sich bemühen, sich nie wieder mit ihm zu paaren. Nach der Paarung verlässt das männliche Eichhörnchen endgültig. Er hat nichts mit der Aufzucht der Kätzchen zu tun.
Der durchschnittliche Wurf eines Eichhörnchens besteht aus zwei bis fünf Kätzchen. Die Tragzeit beträgt etwa sechs Wochen, obwohl einige Eichhörnchenarten eine Tragzeit von nur vier Wochen und andere von acht Wochen haben, wie zum Beispiel das Grau- und Fuchshörnchen.
Baby-Eichhörnchen oder Kätzchen sind bei der Geburt winzig. Sie wiegen etwa eine Unze und sind etwa einen Zoll lang. Sie sind haarlos, ohne Zähne und in den ersten ein bis zwei Lebensmonaten fast blind. Sie wachsen jedoch schnell und sind in der Regel im Alter von zehn Wochen vollständig entwöhnt. Im Alter von vier Monaten haben die meisten Baby-Eichhörnchen das Nest ihrer Mutter endgültig verlassen.