Kambodscha hat die dritthöchste Entwaldungsrate der Welt, motiviert durch Holzernte sowie Kahlschlag für die Landwirtschaft. Abholzung zerstört Lebensräume und stört das Gleichgewicht empfindlicher tropischer Böden. Ohne Bäume, die den Boden festhalten und organisches Material mit Laubstreu auffüllen, erodiert der Boden schnell und verliert in den ersten Jahren der Kultivierung viel von seiner Fruchtbarkeit.
Die Küstenökosysteme Kambodschas, von denen viele aus Mangrovenwäldern bestehen, die wichtige Laichgründe für Fische und Schutz vor Überschwemmungen bieten, werden durch mehrere Faktoren bedroht. Küstenökosysteme werden durch Sedimente, die aus kürzlich entwaldeten Gebieten im Landesinneren freigespült werden, erstickt. Diese Gewässer enthalten auch gefährliche Pestizide und Düngemittel. Schlecht regulierte Garnelenfarmen führen dazu, dass Mangroven gerodet werden und überschüssige Nährstoffe an das Wasser abgegeben werden, was zu einem Überwuchern von Algen und einer Störung des Ökosystems führt.
Mit der Industrialisierung Kambodschas strömen die Menschen in städtische Gebiete, die zu schnell wachsen, als dass die sanitäre Infrastruktur mithalten könnte. Viele Gebiete haben keine Kanalisation oder sind bestenfalls dysfunktional. Abwasser und Industrieabwässer verunreinigen in vielen städtischen Gebieten das Grund- und Oberflächenwasser. Gefährliche feste Abfälle gelangen oft auf offene Deponien, wo sie ins Grundwasser gelangen oder vom Wind verweht werden können.