Mikroskopet bruges i en række videnskabelige områder til mange forskellige formål. Uanset om det drejer sig om retsmedicin eller traditionel medicinsk videnskab, er mikroskopet et uundværligt instrument.
Vævsanalyse
Det er almindeligt, at histologer studerer celler og væv ved hjælp af mikroskopet. For eksempel, hvis en sektion af væv tages til analyse, kan histologer bruge et mikroskop i kombination med andre værktøjer til at bestemme, om prøven er kræft.
Undersøgelse af retsmedicinsk dokumentation
Bevis indsamlet på et gerningssted kan indeholde oplysninger, der ikke er synlige for det blotte øje. For eksempel kan striations i kugler undersøges under et mikroskop for at se, om de matcher kugler skudt fra en bestemt pistol.
Bestemmelse af sundheden for et økosystem
Det er almindeligt, at feltbiologer overvåger sundheden for et bestemt økosystem, såsom en strøm, ved hjælp af mikroskoper til at identificere antallet og mangfoldigheden af organismer i en bestemt region over tid.
At studere et proteins rolle i en celle
Forskere finder mikroskoper et uvurderligt værktøj, når de studerer funktion af proteiner i celler. Med dagens teknologi kan mange proteiner mærkes med et mærke og undersøges i levende celler.
Studerer atomstrukturer
Kraftige mikroskoper som atomkraftmikroskoper har hjulpet forskere med at studere overfladerne på individuelle atomer.