Arkaebakterier er organismer, der faktisk er meget forskellige biokemisk og genetisk fra andre bakterier. Derfor er archaebakterier et forældet udtryk, og de klassificeres nu i Archaea-domænet. Klassifikationer inden for dette domæne er uofficielle på grund af debatter om mikrobernes efterkommere. Mange lever i de ekstreme temperaturer af hydrotermiske udluftninger dybt i havet eller i varme kilder, og nogle lever i iltberøvet mudder. Andre lever i meget salt vand og stadig andre i ekstreme alkaliske eller sure miljøer eller endda i olie. De følgende eksempler er klassificeret efter den taksonomiske orden af kongerige, fylum, klasse, orden, familie, slægt og art.
Hydrotermisk udluftning Archaea
Et eksempel i Archaea-domænet er Methanocaldococcus jannaschii, i øjeblikket klassificeret som Archaea: Euryarchaeota: Methanobacteria; Methanobacteriales: Methanobacteriaceae, Methanocaldococcus og arter jannaschii. Det blev opnået fra en hydrotermisk udluftning på havbunden, der lever ved tryk på mere end 200 atmosfærer og temperaturer over 85 grader Celsius. Den overlever uden ilt og producerer metan som et produkt af dets stofskifte.
Archaea trives i den menneskelige tarm
Methanibrevibacter smithii i øjeblikket klassificeret som Archaea; Euryarchaeota; Methanobakterier; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobrevibacter og arter smithii. Det optager den menneskelige tarm og fungerer uden ilt. Det konverterer CO2 til metan og er vigtig i nedbrydningen af næringsstoffer.
Salt Loving Archaea
Haloquadra walsbyi er i øjeblikket klassificeret Archaea; Euryarchaeota; Halobakterier; Halobacteriales; Halobacteriaceae; Haloquadratum; og arter walsbyi. Det opholder sig i ekstremt salte miljøer og bruger energi fra solen i den fotosyntetiske proces. De er firkantede og har gasfyldte sække, der giver dem mulighed for at flyde. De kan også sammenkæde og danne store ark.
Deep Sea Archaea, der bruger svovl
Thermococcus litoralis er en anden dybhavs-termisk ventilationsart. Det er i øjeblikket klassificeret som Archaea; Euryarchaeota; Termokokker; Thermococcacae; Thermococcus; og arter litoralis. Det kræver svovl at vokse, og i modsætning til de andre eksempler, producerer det ikke metan. Det trives ved høje temperaturer og er en af arkæerne, herunder arter, der endnu ikke skal opdages.
Små, parasitære arkæer står alene i klassificering
Nanoarchaeum equitans er det eneste kendte medlem af Nanoarchaeota-underklassen Archaea. Forskere fandt det at leve på cellevæggene i et nyt Ignicoccus arter, der findes i bunden af havet nær termiske ventilationskanaler og i en varm kilde i Yellowstone National Park. Nanoarchaeum equitans, som synes at have et parasitisk forhold til Ignicoccus arter, er lille, kun 400 nanometer i diameter og ser ud til at trives i temperaturer mellem 167 og 204 grader Fahrenheit.