Mens de fleste forestiller sig sammensatte modeller fra laboratorieklasse, når de tænker på mikroskoper, er mange typer mikroskoper faktisk tilgængelige. Disse nyttige enheder anvendes dagligt af forskere, medicinske teknikere og studerende; hvilken type de vælger afhænger af deres ressourcer og behov. Nogle mikroskoper giver større opløsning med lavere forstørrelse og omvendt, og de varierer i omkostninger fra titusinder til tusinder af dollars.
Simpelt mikroskop
Det enkle mikroskop anses generelt for at være det første mikroskop. Det blev oprettet i det 17. århundrede af Antony van Leeuwenhoek, der kombinerede en konveks linse med en holder til prøver. Forstørrelse mellem 200 og 300 gange var det i det væsentlige et forstørrelsesglas. Mens dette mikroskop var simpelt, var det stadig kraftigt nok til at give van Leeuwenhoek information om biologiske prøver, herunder forskellen i former mellem røde blodlegemer. I dag bruges enkle mikroskoper ikke ofte, fordi introduktionen af en anden linse førte til det mere kraftfulde sammensatte mikroskop.
Sammensat mikroskop
Med to linser tilbyder det sammensatte mikroskop bedre forstørrelse end et simpelt mikroskop; den anden linse forstørrer billedet af den første. Sammensatte mikroskoper er lyse feltmikroskoper, hvilket betyder at prøven er tændt nedenfra, og de kan være binokulære eller monokulære. Disse enheder giver en forstørrelse på 1.000 gange, hvilket anses for at være høj, skønt opløsningen er lav. Denne høje forstørrelse giver dog brugerne mulighed for at se nøje på objekter, der er for små til at blive set med det blotte øje, inklusive individuelle celler. Prøver er normalt små og har en vis grad af gennemsigtighed. Fordi sammensatte mikroskoper er relativt billige og alligevel nyttige, bruges de overalt fra forskningslaboratorier til gymnasiums biologisk klasseværelser.
Stereomikroskop
Stereomikroskopet, også kaldet et dissektionsmikroskop, giver forstørrelse på op til 300 gange. Disse kikkertmikroskoper bruges til at se på uigennemsigtige genstande eller objekter, der er for store til at blive set med et sammensat mikroskop, da de ikke kræver forberedelse af et dias. Selvom deres forstørrelse er relativt lav, er de stadig nyttige. De giver et nærbillede, 3-D-billede af objekternes overfladestrukturer, og de giver operatøren mulighed for at manipulere objektet under visning. Stereomikroskoper anvendes i biologiske og medicinske videnskabelige applikationer såvel som i elektronikindustrien, f.eks. Af dem, der fremstiller kredsløb eller ure.
Konfokalt mikroskop
I modsætning til stereo- og sammensatte mikroskoper, der bruger regelmæssigt lys til billeddannelse, bruger konfokalmikroskopet et laserlys til at scanne prøver, der er farvet. Disse prøver fremstilles på objektglas og indsættes; derefter producerer enheden ved hjælp af et dichromatisk spejl et forstørret billede på en computerskærm. Operatører kan også oprette 3D-billeder ved at samle flere scanninger. Ligesom det sammensatte mikroskop tilbyder disse mikroskoper en høj forstørrelsesgrad, men deres opløsning er meget bedre. De bruges ofte i cellebiologi og medicinske applikationer.
Scanning elektronmikroskop (SEM)
Scanningselektronmikroskopet eller SEM bruger elektroner i stedet for lys til billeddannelse. Prøverne scannes i vakuum eller næsten vakuum, så de skal først fremstilles specielt under dehydrering og derefter belagt med et tyndt lag af et ledende materiale, såsom guld. Når genstanden er klargjort og placeret i kammeret, producerer SEM et 3-D, sort-hvidt billede på en computerskærm. SEM'er, der tilbyder rig kontrol over mængden af forstørrelse, bruges af forskere inden for den fysiske, medicinske og biologiske videnskab til at undersøge en række prøver fra insekter til knogler.
Transmissionselektronmikroskop (TEM)
Ligesom scanningselektronmikroskopet bruger transmissionselektronmikroskopet (TEM) elektroner til at skabe et forstørret billede, og prøverne scannes i et vakuum, så de skal være specielt forberedt. I modsætning til SEM bruger TEM dog et præparat til at få et 2-D-billede af prøver, så det er mere velegnet til visning af objekter med en vis grad af gennemsigtighed. En TEM tilbyder en høj grad af både forstørrelse og opløsning, hvilket gør det nyttigt inden for de fysiske og biologiske videnskaber, metallurgi, nanoteknologi og retsmedicinsk analyse.