Genmodificerede afgrøder inkluderer sorter af majs, bomuld og kartofler. Disse planter har et bakterien fra Bacillus thuringiensis (Bt) indsat i deres genom. Bt-genet koder for syntese af et toksin, der dræber insektlarver. Andre afgrøder er genetisk modificerede til at modstå et specifikt herbicid. Mens disse afgrøder potentielt kan fodre verdens voksende befolkning, udgør de også alvorlige risici for den naturlige variation af organismer eller biodiversiteten.
Brug af herbicid
Herbicider er giftige for mange arter. Når et herbicid påføres på tværs af landbrugslandskaber, kommer skadelige kemikalier ind i naturlige økosystemer. Mange mener, at herbicidresistente afgrøder tilskynder til øget brug af herbicider, og når der anvendes flere herbicider, ender endnu flere kemikalier i naturlige systemer. Disse kemikalier dræber indfødte planter, der fodrer dyr og sygdomme padder direkte, hvilket forårsager et fald i biodiversiteten.
Udkrydsning
Når gener fra genetisk modificerede afgrøder kommer ind i miljøet, har de potentialet til at forstyrre naturlige plantesamfund, true biodiversiteten og komme ind i menneskelig madforsyning. I september 2000 blev StarLink, en række Bt-majs, der ikke var godkendt til konsum, opdaget i taco-skaller i USA. I løbet af de følgende måneder blev StarLink også opdaget i forskellige gule majsprodukter, nogle uden for landet. I starten blev nogle producenter mistænkt for at ignorere aftaler om ikke at sælge StarLink til møller. Imidlertid afslørede interviews med avlerne, at mange enten ikke havde modtaget klare instruktioner om ikke sælger StarLink til møller eller fik at vide, at den ikke-godkendte sort ville blive godkendt ved høst tid. De nøjagtige punkter, hvor StarLink kom ind i forsyningslinjen, er ukendte og ifølge en serie fra Cornell Cooperative Extension's Genetisk manipulerede organismer Offentlige spørgsmål Uddannelsesprojekt, det kan have fundet vej ind i mere end halvdelen af USAs majs forsyninger.
Herbicid modstand
Områder, hvor afgrødearter stammer, er særligt sårbare over for krydsning med lokale sorter. I Mexico, hvor der findes over 100 unikke majssorter, er genetisk manipuleret majs forbudt. På trods af forbuddet er der fundet gener fra genetisk manipuleret majs i mexicansk majs. Plantegenetikere ved U.C. Riverside har vist, at genstrømning fra mange konventionelt opdrættede afgrøder øger ukrudt hos vilde slægtninge, og der er nogle få tilfælde, hvor afgrødeplanter er blevet ukrudt. Øget ukrudt er et problem, når genetisk manipulerede planter er i stand til at konkurrere med andre arter ved at producere mere frø, sprede pollen eller frø yderligere eller vokse mere kraftigt i specifikke miljøer. Transgene solsikker kan producere 50 procent mere frø end deres traditionelle kolleger og nogle forskere er bekymrede for, at genetisk modificerede planter gradvis kan fortrænge værdifuld genetisk mangfoldighed.
Bt Toxin
De toksiner, der produceres af genetisk manipulerede afgrøder, truer biodiversiteten, og ifølge Sierra Club skal genteknologi betragtes som miljøfarlig. En Cornell University-undersøgelse viser, at Bt-toksinet dræber larverne af gavnlige arter, der ikke er målgrupper, såsom møl og sommerfugle. Lignende undersøgelser indikerer en reduktion af andre gavnlige arter, herunder lacewings og mariehøns. Toksinet vedvarer også i rodsystemerne til Bt-majs og i planterester længe efter høst af afgrøder og kan have skadelige konsekvenser for millioner af mikroorganismer, der lever i jorden og opretholder dens fertilitet. Når Bt-toksin binder sig til jordpartikler, kan det fortsætte i to til tre måneder. Dette kan have negativ indvirkning på hvirvelløse vanddyr og jord, såvel som næringsstofcyklusprocesser, der forekommer hos bakteriearter.