Forskere har evnen til at sekvensere DNA-molekylet; med andre ord kan de bestemme rækkefølgen af nukleotidbaser i et hvilket som helst givet molekyle. Sekventering af DNA-molekylet kan være det første af et antal trin, der er nødvendige for at finde ud af, hvordan det specifikke er nukleotider i et DNA-molekyle interagerer med hinanden og koder for forskellige karakteristika i et organisme. Processen med sekventering af DNA er snarere involveret, men automatiske DNA-sequencere minimerer den nødvendige menneskelige involvering i det mindste en del af processen.
Prøveforberedelse
For at en automatisk DNA-sequencer fungerer, skal den detektere de fire nukleotidbaser, der udgør DNA: adenin, guanin, thymin og cytosin. Forskere kopierer et stykke DNA mange gange og bruger begrænsningsenzymer til at skære DNA'et i stykker af forskellige størrelser. De tilføjer derefter en lille mængde fluorescerende mærket base til hvert batch af DNA. Basen, som enten er adenin, thymin, guanin eller cytosin, vil binde til sin basekomplement i enden af en streng. For eksempel vil adenin binde til tråde, der slutter med thymin, og guanin vil binde til tråde, der slutter med cytosin.
Automatisk DNA-sequencer-konstruktion
En automatisk DNA-sequencer er bygget ligesom en DNA-sequencer, der kræver mere manuelt arbejde. Specifikt er en automatisk DNA-sequencer en tank, ca. 1 fod lang, med 96 gelbrønde, hvori DNA kan hældes. I en automatisk DNA-sequencer, ligesom i enhver DNA-sequencer, injiceres DNA'et i gelbrøndene øverst i tanken, og en negativ ladning påføres den ende af tanken. Den negative ladning giver en stærk drivkraft for DNA-strengene til at rejse forskellige afstande til enden af tanken.
Automatisk injektion
En automatisk DNA-sequencer injicerer batcher af DNA automatisk i toppen af gelen. Som sådan sparer det forskere en enorm tid og kræfter. Efter at batcherne er injiceret, anvender sequencer automatisk en negativ ladning i den ene ende af tanken, hvilket får strengene til at migrere forskellige afstande gennem gelen. De forskellige afstande afspejler de forskellige størrelser af DNA-tråde, der passerer gennem gelen.
Detektor
Mange automatiske DNA-sekventeringsmaskiner er indstillet til at detektere det fluorescerende farvestof på DNA-strengene, der passerer gennem gelen. Ved at gøre det kan de identificere de nukleotider, der er i enderne af tråde, og registrere dem i computeren. Imidlertid præsenterer sequencere i bedste fald en sammenblandet version af DNA-nukleotider. Når du har brugt en automatisk DNA-sekventeringsmaskine, skal du gennemgå en proces kaldet "efterbehandling", hvor en kombination af computere og forskere sorterer resultaterne fra DNA-strengen, der opdager for at samle dataene til en omfattende beskrivelse af et DNA strand. Ikke overraskende kan denne proces tage meget længere tid end den egentlige proces med sekventering.