Fra det øjeblik europæerne ankom til Nordamerika, begyndte de at spekulere i oprindelsen af kontinentets indianere. Noget af denne spekulation var ret fantasifuld. Man troede, at indianerne var medlemmer af Israels tabte stammer, overlevende fra ødelæggelse af Atlantis eller efterkommere af fønikiske vandrere, som på en eller anden måde havde nået det over Atlanterhavet.
En mere gammel migration
Der var dog en europæer fra det 16. århundrede, den indsigtsfulde jesuitpræst Jose de Acosta, der postulerede, at indianere var Asiatisk oprindelse, efter at have krydset fra Sibirien til Alaska over en nu nedsænket landbro, og denne teori fik til sidst troværdighed. Alligevel troede mange amerikanske antropologer ind i det tidlige 20. århundrede, at indianere kun havde været på kontinentet omkring 5.000 år, indtil opdagelsen af tydeligt riflede stenspydspunkter i 1932 nær Clovis i New Mexico, foreslog et folk, der jager istidens dyr og levede omkring 11.500 år siden. Senere steder med menneskelig beboelse fundet i Chile er mindst 12.500 år gamle.
Tre bølger
Først troede man, at de tidlige paleoamerikanere stammer fra folk, der krydsede over fra Asien overalt Fader de Acostas landbro til nutidens Alaska og drev derefter ned ad kontinentet i en enkelt lang migration. Efterhånden er ideen om denne enkelt migration imidlertid forstærket af en anden teori, nemlig en tre-bølge bevægelse af mennesker fra Asien til Amerika. En undersøgelse offentliggjort i tidsskriftet "Nature" i 2012 antyder, at de fleste amerikanske indianere faktisk er det stammer fra en gruppe asiater, der krydsede den sibiriske landbro (kendt som Beringia) ca. 15.000 år siden.
Tilbage migration
Imidlertid fandt forskerne ved hjælp af DNA-prøver taget fra nuværende indianere, at der var to senere migrationer, der efterlod en indflydelse på arktiske indianere, der taler eskimo-aleut samt canadiske Chipewyan-indianere, der taler Na-Dene-sproget. Forskere, der studerer DNA, er også begyndt at forstå fænomenet "tilbage migration" - befolkninger i det nordøstlige Sibirien, for eksempel bære "First American" genet, der viser, at de første amerikanere vendte tilbage til deres oprindelse såvel som at bevæge sig dybere ind i amerikaneren kontinent.
En grund til at forlade
Historien om, hvor indianere stammer fra, udvikler sig stadig. For nylig har forskere nulstillet Ruslands Altai-republik, der støder mod Kina, Mongoliet og Kasakhstan. Det er et sted, der har været beboet siden paleolithisk tid og fungerer som en gateway for mennesker, der migrerer til Sibirien. DNA-prøver af nuværende Altai-populationer viser, at en bestemt genmutation til stede i Altai-folk også er til stede i indianere. Endelig har forskere opdaget, at Altai-regionen var tæt befolket for omkring 30.000 år siden, hvilket førte til et muligt svar på hvorfor folk rejste til Sibirien og derefter gennem Beringia til Nordamerika: Ressourcerne blev overbeskattet, og de havde brug for at bevæge sig længere væk for at overleve.