Analysen af DNA involverer forskellige typer molekylære eksperimenter og biologiske procedurer. DNA er et skrøbeligt og kompliceret råmateriale, så håndtering og analyse af det kræver den bedste kvalitet og reneste forberedelse af kemikalier. Afhængig af analysen er hundredvis af kemikalier, fra sure og basiske opløsninger til buffere og farvestoffer, involveret i undersøgelsen af DNA. At forstå, hvorfor nogle kemikalier anvendes, er nøglen til at udføre vellykkede eksperimenter og opnå nøjagtige, pålidelige og reproducerbare resultater.
Ethylendiamintetraacetat til DNA-oprensning
Tre typer DNA renses til videnskabeligt arbejde: DNA fra genomet (genomisk DNA), hele DNA'et fra cellen (total DNA) eller fra plasmider, som kan selvformere sig. Total celle-DNA-oprensning bruger kemikalier, der tillader destruktion af en celles mange membraner under cellelyse. Det kemiske ethylendiamintetraacetat (EDTA) bruges ofte til at fjerne magnesiumioner, som er nødvendige for at opretholde stivhed af cellevægge, hvilket får disse til at svække til det punkt, at de kollapser eller rives, hvilket frigiver celleindholdet og DNA til analyse. Derudover beskytter og bevarer EDTA integriteten af DNA ved at hæmme enzymer, der normalt er til stede i cellen, hvilket kan fragmentere DNA'et og gøre det ubrugeligt.
Magneisumchlorid til DNA-amplifikation
Polymerasekædereaktionen (PCR) er en sofistikeret analysemetode, der bruges til at amplificere flere tusinde kopier af et DNA-molekyle, men det er fyldt med tekniske problemer og unøjagtigheder. Mange forskere udfører derfor rutinemæssigt flere forskellige sæt PCR'er for at finde den mest optimale tilstand og parametre for et bestemt gen af interesse. Et kemikalie, der bruges til at udføre en sådan optimering, er magnesium, som stabiliserer DNA-polymeraseenzymet, der anvendes i PCR, og fungerer som en essentiel co-faktor for enzymets aktivitet. Til PCR'er anvendes magnesium i form af en magnesiumchloridbuffer.
Ethidiumbromid til DNA-farvning
Ethidiumbromid er et farvestof, der binder til DNA ved at glide ind mellem de nukleotider, der udgør en DNA-dobbelthelix i en proces kendt som intercalation. Dette farvestof kan derefter belyses med en ultraviolet lampe, så det DNA, hvortil ethidiumbromidet er bundet, kan visualiseres. Imidlertid kræves mindst 1 nanogram DNA for at ethidiumbromidet kan ses korrekt, derfor er det en måde at detektere PCR-amplificeret DNA på. Selvom det er billigt og i vid udstrækning, er det også et mutagent kemikalie, der vides at forårsage kræft, så dets anvendelse i laboratorier er stærkt reguleret, og mange forskere bevæger sig til at bruge mindre giftige alternativer.