Nåletræer har to typer kegler: pollenkeglen og frøkeglen. Nogle nåletræer har begge kegletyper på det samme træ, hvilket gør det muligt for træet at bestøve sig selv. Krydsbestøvning opstår, når et træ kun producerer frøkegler og derfor skal befrugtes af pollen, der driver til frøkeglerne fra pollenkegler placeret på andre nærliggende træer.
Pollen kegler er karakteristisk mindre og bredere end frø kegler. Pollen kegler har en tendens til at komme hen og dø, når pollen i keglerne er blevet frigivet for at befrugte frøkeglerne. I sin sovende fase kan en nåletræ være mand, kvinde eller vegetativ. At skelne mellem knoppetyper på dette stadium er kun mulig ved dissektion. Et spor, der kan hjælpe med identifikation af pollenkegle, er dets placering. Frøkegler har tendens til at udvikle sig højere op i træet for at hjælpe med spredning, når frøene er bestøvet.
Frøkegler bruges ofte til at identificere trætype, fordi de forbliver på eller under træet i længere tid. De slanke frøkegleknopper svulmer i fire til seks uger, indtil de røde eller grønspidsede ægformede skalaer begynder at dukke op. Vægten har tendens til at foldes oprejst fra keglebasen og derefter falde nedad efter at have accepteret pollen fra pollenkeglerne for at starte frøudvikling og signalkegle modenhed.
Nogle nåletræer har hverken pollen eller frøkegler. I stedet producerer træet frugt, der delvis dækker frøene. Den canadiske barlind er et eksempel på en aril-producerende nåletræ, der indeholder en kødfuld belægning til at indeholde træets frø. For at forhindre overskydende tab af frø på grund af dyre- og fuglerovne, der måske ønsker at fodre på barskfrugt, dette træ har tilpasset sig selv, så dets frugt er giftigt, og frøene er tilbage uforstyrret.
Keglebærende nåletræer, eller pinophyta, klassificeres som gymnospermer (nøgne frø), fordi deres æg og frø ikke er lukket i æggestokkene eller findes i beskyttende frugtbelægninger. Hvis en nåletræ har både pollen- og frøkegler på det samme træ, klassificeres det yderligere som en diploid sporophyte. Når frøene er dannet efter bestøvning, åbnes keglens skalaer for at frigøre frøene til spredning af vand, vind og bevægelse af mennesker og dyr.
