Spildevand og spildevand indeholder ofte en forvirrende vifte af bakterier og kulstofbaserede eller organiske kemikalier og forurenende stoffer. Fjernelse af bakterier og organiske forbindelser er en kritisk del af spildevandsbehandling, og ozon er et af de kemikalier, der ofte bruges til at udføre jobbet. Selvom det er mere effektivt end klor til at ødelægge bakterier, har det nogle vigtige ulemper.
Opløselighed og aktivitet
Hvis ozondosis er for lav, kan nogle af bakterierne og især dem, der kan danne cyster, overleve. Derfor er højere ozonkoncentrationer gavnlige. Disse er imidlertid vanskelige at vedligeholde, fordi ozon er 12 gange mindre opløseligt i vand end klor, så de maksimale koncentrationer af desinfektionsmidler, du kan nå, er meget lavere, når du bruger ozon. Desuden nedbrydes ozon meget hurtigt, og jo højere temperatur eller pH, desto hurtigere henfalder det. Hvis vandet er rig på organiske forbindelser eller suspenderede faste stoffer, kan meget af ozon forbruges gennem reaktioner med disse andre forurenende stoffer, hvilket efterlader en utilstrækkelig mængde til rådighed til at ødelægge bakterier. Derfor er ozon ikke en økonomisk mulighed for spildevand med meget store mængder suspenderede faste stoffer eller samlede organiske forbindelser.
Reaktivitet
Ozons reaktivitet er det, der gør det til et så stort desinfektionsmiddel. Den samme styrke kommer dog med nogle ledsagende ulemper. Ozon kan reagere med mange metaller, inklusive dem, der bruges til at beklæde spildevandsbehandlingsbeholdere, så operatører skal bruge korrosionsbestandige materialer som f.eks. rustfrit stål, hvilket gør anlægskonstruktion dyrere. Desuden gør ozons reaktivitet det til et giftigt kemikalie, så operatører skal designe anlæg på en sådan måde, at arbejdere ikke kommer i kontakt med ozongas, der undslipper fra vandet. Dette øger også omkostningerne ved behandling af ozon-spildevand.
Bekostning
Ozon er mere udfordrende at producere og levere end klor. Anlægsoperatører genererer typisk ozon ved at køre en elektrisk strøm gennem luft, der passerer mellem to elektroder, en teknik kaldet koronaudladning. Cirka 85 procent af energitilførslen til et koronaudladningssystem spildes i form af varme. Denne metode er ekstremt energiintensiv, og det nødvendige udstyr er mere kompliceret end kloreringssystemer, hvilket betyder, at ozonproduktion typisk er dyrere end alternativerne.
Rester og biprodukter
Når ozon reagerer med organiske forbindelser, skaber det en række biprodukter. Hvis vandet indeholder bromidioner, kan ozonbehandling danne bromerede forbindelser som bromationen, hvilket er et muligt humant kræftfremkaldende middel. Derfor skal operatører enten kontrollere pH eller undgå brug af ozon, hvis vandet er rig på bromidsalte. Endelig er ozon i modsætning til klor, idet der ikke er noget resterende eller resterende desinfektionsmiddel, når processen er afsluttet; enhver ozon, der ikke reagerer med forurenende stoffer, nedbrydes fuldstændigt. Dette gør det vanskeligere for planteoperatører at holde øje med, hvor godt desinfektion fungerer, da der ikke er noget restniveau af ozon i vandet, som de kan overvåge.