Forholdet mellem forskellige dyr etableres gennem taksonomi. Taxonomi er klassificeringen af levende ting. Disse klassifikationer er opdelt som følger fra den største gruppering til en individuel dyreart: Kongerige, fylum, underfolie, klasse, orden, familie, slægt, art. Dyr, der er i samme art, er meget tæt beslægtede, og dyr i samme rige er meget fjernt beslægtede. For eksempel er alle dyr en del af et kongerige, Animalia, og alle planter er i kongeriget Plantea.
Alle edderkopper og krabber er i phylum Arthopodia, ligesom alle insekter. Leddyr skelnes fysisk ved, at de alle har segmenterede, leddede ben og har et eksoskelet. Mens både krabber og edderkopper er grupperet i samme fylde, betyder det ikke, at de nødvendigvis er nært beslægtede. For eksempel er alle dyr med en rygsøjle i stammen Cordata. Men det er klart, at selvom fisk og aber begge har rygsøjler, er de meget forskellige.
Opdelingen mellem edderkopper og de fleste krabber sker på subphylum-niveau. Edderkopper er i subphylum Cheilcerata, mens de fleste krabber er i subphylum Mandibulata. Forskellen er stort set, at krabber har en kæbe, en type kæbe, og edderkopper har chelicerae, som er munddele, der vises foran munden. Edderkopternes "hugtænder" er chelicerae.
Hesteskokrabber er i samme underphylum som edderkopper, Cheilcerata. Dette gør hesteskokrabber tættere forbundet med edderkopper end de er endda med andre krabber. Ligesom edderkopper har hesteskokrabber ikke mandibel og har i stedet chelicerae foran deres munddele. Edderkopper og hesteskokrabber er opdelt på klasseniveau. Edderkopper er i klassen Arachnida, mens hesteskokrabber er i klassen Merostomata.
En anden skør væsen plejede at eksistere og klassificeres også i subphylum Cheilcerata. Disse kaldes ”havskorpioner”. De døde for omkring 250 millioner år siden. Disse "skorpioner" havde en større bro på bagsiden af halen og voksede til større end 6 fod i længden. Dette gør dem muligvis til den største leddyr, der nogensinde har levet. Deres optagelse i subphylum Cheilcerata gør disse gamle crablike skorpioner også tættere forbundet med edderkopper end med krabber.
