Při gelové elektroforéze se vzorky DNA nebo proteinů oddělují - obvykle na základě velikosti - aplikací elektrického pole, které způsobuje jejich migraci přes gel. Použití gelové elektroforézy je v laboratořích biomedicínského výzkumu rutinní a používá se k zodpovězení řady různých otázek, takže ve skutečnosti neexistuje univerzální způsob analýzy výsledků.
Různé techniky, jako je Western blot, Northern blot a Southern blot, například, zahrnují všechny Gelová elektroforéza.
Pokud děláš agarózový gel elektroforéza vzorků DNA, nejběžnější druh postupu, obvykle musíte udělat alespoň dvě věci: 1) rozlišit nesestříhaný plazmidy z inzertů, zoubkované plazmidy a nařezané plazmidy a 2) odhadněte velikost různých fragmentů DNA standardní křivkou Excel nebo kalkulačka.
Zkontrolujte svůj laboratorní notebook a určete, které vzorky byly načteny do kterých pruhů. Když jste vložili jamky pro váš gel, měli byste si všimnout identity každého pruhu / vzorku.
Pomocí pravítka změřte na obrázku vzdálenost od jamek po sledovací barvivo, které bude cestovali dále než kterékoli z pásem DNA (jinými slovy, budou na dně DNA) gel). Zaznamenejte toto číslo - jednotky, které používáte, nejsou důležité.
Změřte na obrázku vzdálenost od jamek ke každému z pásů v „žebříku“, poté tuto vzdálenost vydělte vzdáleností, kterou urazil sledovací barvivo kapela. Tento výpočet vám poskytne relativní mobilitu každého pásma.
Příklad: Předpokládejme, že pás sledovacího barviva cestoval 6 palců a máme tři pásma, která cestovala 5, 4,5 a 3,5 palce.
Jaká je jejich relativní mobilita? Odpověď: Vydělíme 5, 4,5 a 3,5 číslem 6, abychom získali relativní mobilitu 0,833, 0,75 a 0,5833.
Výrobce vám udává velikost každého fragmentu v žebřících, které dodávají, takže tyto informace byste již měli mít.
Pomocí funkce Trendline v tabulkovém procesoru můžete přizpůsobit rovnici datům. Tato rovnice by měla být výkonovou rovnicí (např. X ^ -2) a měla by relativně dobře odpovídat datům (R-koeficient alespoň 0,9). Tím se vytvoří křivka a standardní křivka Vynikat.
Pamatujte, že menší fragmenty DNA putují gelem dále než velké fragmenty DNA, takže ty, které jsou nejblíže sledovacímu barvivu, budou nejmenší. Pamatujte však, že pokud plazmid (kruhová) DNA je nerozřezaná, stane se „nadšroubovicovou“ nebo zkroucenou jako telefonní kabel, což ve skutečnosti způsobí její cestování dál než lineární DNA stejné velikosti.
Stejně tak bude „proříznutý“ plazmid, který byl neúplně rozříznut, cestovat a kratší vzdálenost než lineární DNA stejné velikosti. V důsledku toho nemůžete odhadnout velikost nerozřezaných plazmidů z vašeho gelu.
Porovnejte pásy v každém pruhu s identitou vzorku, který jste v daném pruhu načetli, a určete, zda to, co vidíte, je to, co byste očekávali. To bude záviset na povaze vašeho experimentu.
Obecně však platí, že pokud štěpíte inzertní plazmid dvěma restrikčními enzymy, můžete očekávat, že inzert bude uvolněn z plazmidu.
Jelikož je mnohem menší než plazmid, očekávali byste, že uvidíte dva pruhy v tomto pruhu, jeden v horní části a druhý dole v dolní části. Plazmid štěpený pouze jedním restrikčním enzymem by měl tvořit pouze jeden pás, který se pohybuje o něco dále než plazmid štěpený dvěma restrikční enzymy, ale zdaleka až k vložce.
Změřte vzdálenost od jamek k nařezanému plazmidu a pomocí pravítka vložte proužky. Vydělte tato čísla vzdáleností uraženou sledovacím barvivem, abyste našli relativní mobilitu inzertů a nařezaných plazmidů.