Bakterie jsou malé jednobuněčné organismy, které jsou prospěšné i škodlivé pro člověka. Některé formy bakterií nám pomáhají žít, například ty, které pomáhají rozkládat potravu v našich střevech. Jiné formy, jako jsou bakterie, které způsobují dýmějový mor, mohou člověka zabít, pokud nejsou léčeny. Existuje mnoho různých druhů bakterií, které dýchají různými metodami. Dvěma primárními metodami bakteriálního dýchání jsou aerobní dýchání a anaerobní dýchání.
Aerobně dýchající formy bakterií vyžadují k životu kyslík. Využívají kyslík jako palivo, aby pomohli spalovat energii a dodávali jim energii potřebnou pro život. Tento typ bakteriálního dýchání je stejného druhu, jaký používají lidé, proto termín „aerobní cvičení“. Hlavním vedlejším produktem aerobního dýchání bakterií je oxid uhličitý.
Mnoho druhů bakterií dýchá anaerobně. Jinými slovy, mohou projít procesem dýchání bez přítomnosti kyslíku. Místo použití kyslíku, který jim pomáhá spalovat energii v potravinách, používají tyto druhy bakterií jiné přirozeně se vyskytující chemikálie k vytváření chemických reakcí a uvolňování energie, kterou potřebují. Mezi běžné používané přirozeně se vyskytující chemikálie patří dusičnany, sírany a oxid uhličitý. Anaerobní dýchání v bakteriích obecně vytváří mnoho vedlejších produktů. Mnoho z těchto vedlejších produktů může být toxických nebo nebezpečných pro člověka a zahrnuje ethanol a vodík.