Bakterie, které jsou často považovány za nejjednodušší formy života, tvoří různorodou skupinu organismů. Rozmanitost bakterií vedla tuto skupinu k rozdělení do dvou domén života, Eubacteria a Archaea. Navzdory této rozmanitosti mají bakterie řadu charakteristik, zejména mají prokaryotické buňky. Kromě toho existuje řada charakteristik, jako je složení buněčné stěny široce sdílené mezi eubakteriemi a archaeans, i když existence některých bakterií bez těchto téměř všudypřítomných charakteristik podtrhuje jejich rozmanitost.
Jednobuněčný
Snad nejpřímější vlastností bakterií je jejich existence jako jednobuněčných organismů. Zatímco většina bakterií, archaeanů i eubakterií tráví celý svůj mikroskopický životní cyklus jako samostatný singl buňky, některé jako myxobakterie žijící v půdě, vytvoří v rámci svého života mnohobuněčná plodnice cyklus.
Chybějící organely
Eukaryotické buňky, jako jsou například rostliny, zvířata a houby, mají jádro vázané na membránu, které rozděluje DNA buňky od zbytku buňky. Další funkce v těchto buňkách jsou také izolovány do specializovaných organel vázaných na membránu, jako jsou mitochondrie pro buněčné dýchání a chloroplasty pro fotosyntézu. Bakteriím ve svých buňkách chybí jádro a složité organely. To neznamená, že bakterie nemají vnitřní organizaci, protože jejich DNA je často izolována do oblasti bakteriální buňky známé jako nukleoid. Je však důležité si uvědomit, že nukleoid není fyzicky oddělen od zbytku buňky membránou.
Plazmatická membrána
Zatímco plazmatické membrány jsou běžné v jiných živých buňkách, tyto membrány nejsou rysem bakterií. Absence vnitřních organel degraduje mnoho funkcí, které se vyskytují v eukaryotických buňkách a vyskytují se na plazmatické membráně bakterií. Například speciální vývody plazmatické membrány umožňují fotosyntetickým bakteriím provádět světlo závislé reakce fotosyntézy, které fotosyntetická eukaryota provádějí na membránách thykaloidu uvnitř chloroplast.
Buněčné stěny
Peptidoglykanová buněčná stěna je běžným rysem eubakterií. Tato buněčná stěna obklopuje bakteriální buňku, poskytuje sílu a brání prasknutí v měnícím se prostředí. Jedním ze základních testů prováděných při identifikaci bakterií je Gramovo barvení, které kategorizuje eubakterie jako grampozitivní nebo gramnegativní na základě schopnosti buněčné stěny zadržovat krystal fialové barvivo. Buněčná stěna je terčem antibiotika penicilinu a jeho derivátů. Penicilin inhibuje tvorbu buněčné stěny a může zničit stěny, zejména u rychle rostoucích a množících se bakterií. Znovu podtrhuje rozmanitost v této skupině, ne všechny eubakterie mají buněčnou stěnu peptidoglykanu. V buněčné stěně chlamydií chybí peptidoglykan. Mykoplazmě chybí jakákoli buněčná stěna. Archaeans také vlastní buněčnou stěnu, ale používají jiné látky než peptidoglykan.
DNA
Vícenásobné lineární chromozomy, které jsou v učebnicích biologie často graficky znázorněny, jsou specifické pro eukaryoty. Naopak archaeans i eubacteria mají jednokruhový chromozom a sekvenci DNA mnohem kratší, než je tomu u eukaryot. Kratší sekvenci DNA lze částečně vysvětlit poměrně sníženou složitostí bakteriálních buněk, ale také vyplývá ze snížené přítomnosti intronů - segmentů genu, které jsou odstraněny během translace DNA na protein. Bakteriální genom je rozšířen o menší fragmenty DNA známé jako plazmidy, které však nejsou pro bakterie jedinečné a nacházejí se také v eukaryotech. Plazmidy se replikují v bakteriální buňce nezávisle na bakteriálním chromozomu a mohou být vyměňovány mezi různými bakteriálními organismy. Plazmidy mohou hostitelské buňce dodávat vlastnosti, jako je odolnost vůči antibiotikům.