Neutrofilní a acidofilní heterotrofní bakterie tvoří většinu druhů bakterií. Termíny „neutrofilní“ a „acidofilní“ označují optimální hladinu pH bakteriálního druhu - měřítko kyselosti nebo zásaditosti látky. Například ocet je kyselý a soda bikarbóna jako základ. Stupnice pH se pohybuje od 0 do 14, přičemž 7 je pH čisté vody, přímo uprostřed.
Neutrofilní heterotrofy
Většina bakterií, neutrofilů, žije v půdě nebo ve vodě a rostou nejlépe při neutrálním pH mezi 6 a 8. Pokud se pH příliš liší mimo toto rozmezí, neutrofilní bakterie nemohou přežít. Většina bakterií, které způsobují nemoci u lidí, jsou také neutrofilní heterotrofi, vhodní k přežití v lidském těle.
Acidofilní heterotrofy
Acidofilní bakterie rostou lépe při nižších úrovních pH, obvykle pod pH 6, protože mají biologické mechanismy, které jim umožňují udržovat jejich vnitřní pH téměř neutrální. Kyselý odtok dolu - kontaminovaný, vysoce kyselý odtok z těžebních oblastí - obsahuje vysokou populaci acidofilů, které oxidují sulfid nacházející se v kovových rudách. Podle Science Education Resource Center na Carleton College vykazovala acidofilní ferroplasma nalezená v odtoku kyselých dolů důlní hladiny pH až nula.
Povinně Acidophilic Heterotrophs
Obligátní acidofily vyžadují k přežití nízké pH pod 4 nebo 5. Buněčná membrána obligátních acidofilů se ve skutečnosti rozpouští při neutrálních úrovních pH, což způsobuje buněčnou smrt. Mnoho povinných acidofilů jsou také termofily - organismy, které rostou nejlépe při vysokých teplotách - a běžně se vyskytují ve vulkanických půdách. Thiobacillus ferrooxidans se pravděpodobně řadí mezi nejčastěji studované acidofilní bakterie oxidující železo.