Vědci mají schopnost sekvenovat molekulu DNA; jinými slovy, mohou určit pořadí nukleotidových bází v kterékoli dané molekule. Sekvenování molekuly DNA může být prvním z řady kroků potřebných k určení, jak je konkrétní nukleotidy v molekule DNA spolu interagují a kódují různé vlastnosti v organismus. Proces sekvenování DNA je spíše zapojen, ale automatické sekvenátory DNA minimalizují potřebu lidského zapojení, alespoň pro část procesu.
Příprava vzorků
Aby automatický sekvencer DNA fungoval, musí detekovat čtyři nukleotidové báze, které tvoří DNA: adenin, guanin, thymin a cytosin. Vědci mnohokrát kopírují kousek DNA a pomocí restrikčních enzymů rozřezávají DNA na kousky různých velikostí. Potom přidají malé množství fluorescenčně značené báze do každé dávky DNA. Báze, kterou je buď adenin, thymin, guanin nebo cytosin, se naváže na svůj bazální komplement na konci řetězce. Například adenin se naváže na řetězce končící thyminem a guanin se naváže na řetězce končící cytosinem.
Automatická konstrukce sekvenceru DNA
Automatický DNA sekvencer je postaven podobně jako DNA sekvencer vyžadující více manuální práce. Konkrétně je automatickým sekvencerem DNA tank dlouhý asi 1 stopu s 96 gelovými jamkami, do kterých lze nalít DNA. V automatickém sekvenátoru DNA, stejně jako v každém sekvenceru DNA, se DNA vstřikuje do gelových jamek v horní části nádrže a na tento konec nádrže se aplikuje negativní náboj. Záporný náboj poskytuje silný podnět k tomu, aby řetězce DNA mohly cestovat na různé vzdálenosti na konec nádrže.
Automatické vstřikování
Automatický řadič DNA vstřikuje dávky DNA automaticky do horní části gelu. Jako takový šetří vědcům obrovské množství času a úsilí. Po vstříknutí šarží sekvencer automaticky aplikuje záporný náboj na jeden konec nádrže, což způsobí, že prameny migrují různé vzdálenosti přes gel. Různé vzdálenosti odrážejí různé velikosti řetězců DNA procházejících gelem.
Detektor
Mnoho automatických strojů pro sekvenování DNA je nastaveno tak, aby detekovalo fluorescenční barvivo na řetězcích DNA procházejících gelem. Přitom mohou identifikovat nukleotidy, které jsou na koncích řetězců, a zaznamenávat je do počítače. Sekvencery však přinejlepším představují zmatenou verzi DNA nukleotidů. Po použití automatického stroje pro sekvenování DNA musíte projít procesem zvaným „dokončování“, ve kterém je kombinace počítačů a vědci třídí výsledky detekce řetězce DNA, aby shromáždili data do komplexního popisu DNA pramen. Není divu, že tento proces může trvat mnohem déle než skutečný proces sekvenování.