Jedním z klasických způsobů, jak určit koncentraci mikrobů ve vzorku, je ředit vzorek, pěstovat mikroby na destičkách a počítat kolonie. Pokovené mikroby rostou z jednotky tvořící kolonie sestávající z jedné nebo více buněk do viditelné kolonie, kterou lze vidět a spočítat. Bakterie jsou nejběžnějším mikrobem, který se hodnotí pomocí počtu destiček. Počty kolonií se používají k detekci a počítání mikrobů v půdě, vodě a potravinách. Protokoly pro počítání kolonií zdůrazňují přesný a metodický přístup.
Ředění vzorků, pokovování a inkubace
Pokud jednoduše potřete vzorek mikrobů na agarové desce, uvidíte tolik jednotek tvořících kolonie, že se jednotlivé kolonie spojí dohromady, což znemožňuje jejich spočítání. Chcete-li tento problém vyřešit, smíchejte vzorek do kapalného média, vezměte malé množství této směsi a dále ji zřeďte. Tento postup opakujte šestkrát až desetkrát. Rozpusťte konečné ředění na agarovou misku a inkubujte ji čtyři až sedm dní, než spočítejte kolonie.
Ruční počítání
Primárním trikem při počítání kolonií je spočítat každou koloniální tečku jednou. Jedním z přístupů je nastavit Petriho misku na pozadí mřížky a spočítat kolonie v každé buňce mřížky a pohybovat se v metodickém vzoru skrz všechny buňky. Užitečným přístupem může být také označení spočítaných kolonií na zadní straně Petriho misky. Obecně budete muset počítat alespoň tři talíře; používat pouze desky obsahující 30 až 300 kolonií k vytváření robustních závěrů, navrhuje společnost Microbiology Network, která poskytuje konzultační služby laboratořím a výrobcům. Destičky s koloniemi, které jsou příliš početné na to, aby se daly spočítat, nebo s příliš malým počtem kolonií, musí být znovu umístěny z nového ředění.
Automatické počítání
Lidská chyba zvyšuje čas potřebný k ručnímu počítání kolonií. Chcete-li zlepšit přesnost i účinnost, umístěte Petriho misku do zařízení pro automatické počítání kolonií. Automatická počítadla kolonií pořídí obraz misky, oddělí kolonie od pozadí a poté pomocí algoritmu spočítají kolonie na talíři. Algoritmy mohou mít potíže s rozlišováním kolonií, když se dvě nebo více kolonií dotýkají na okrajích, takže se jedná o oblast probíhajícího vývoje softwaru.
Zkomplikování počítání
Přesnost výpočtu hustoty mikrobů z počtu kolonií má určitá omezení. Jednotky tvořící kolonie mohou být jedna buňka, řetězec buněk nebo celá shluk buněk. Předpokládá se, že kolonie představuje jednu buňku, takže koncentrace vypočítané z počtu kolonií mohou být nízké. Různé mikroby potřebují odlišné růstové podmínky a kolonie na destičce představují pouze ty mikroby, kterým se v tomto růstovém médiu daří za těchto inkubačních podmínek. Počítání kolonií navíc neregistruje odumřelé buňky, což je důležité, když potřebujete koncentraci buněk v původním vzorku.