Primární použití nafta je v naftových motorech. Za vynález vznětového motoru je považován Rudolph Diesel, který v roce 1892 podal první patent na vznětový motor. Jeho použití arašídového oleje (spíše než ropného produktu) jako paliva pro motor - prokázané na výstavním veletrhu v Paříži v roce 1889 - lze považovat za první pokus o výrobu bionafty. Diesel vnímal jeho konstrukci motoru jako alternativu k jiným motorům éry, které by mohl použít běžný člověk bez závislosti na velkém průmyslu. V současné době existují dva hlavní typy motorové nafty: nafta na bázi ropy (někdy nazývaná petrodiesel), která se získává z ropy; a bionafta vyrobená z organických materiálů, jako jsou:
Nafta, která se dostane ke konečnému uživateli, začíná svůj život jako ropa, která je výsledkem velkého a rozpadajícího se množství biomasy (rostlinné a živočišné) v kombinaci s tlakem a teplem. Jakmile je tento základní olej sklizen, je transportován do rafinerie, kde prochází třemi procesy: separací, konverzí a čištěním. K procesu separace dochází ve velkých destilačních věžích, kde je olej vystaven extrémnímu teplu, což způsobuje jeho separaci na plyny a kapaliny. Produkty se oddělují na základě teplotních rozdílů mezi spodní a horní částí věže. Produkty zahrnují paletu propanu v horní části, naftu ve středu a maziva ve spodní části. Dalším krokem při výrobě nafty je konverze, která obvykle zahrnuje aplikaci katalyzátoru na některé z těžších olejů z procesu separace, aby se vytvořilo více benzínu, nafty a propanu. Posledním krokem procesu je čištění a obvykle zahrnuje vystavení produktů vodíku a katalyzátoru pro odstranění síry.
Proces výroby bionafty začíná buď rostlinnými oleji, nebo tuky (mohou to být také živočišné tuky), které se poté smísí s alkoholem (obvykle metanolem) a katalyzátorem. Obecně se směs potom zahřeje, což způsobí její reakci a přeměňuje tuk na glycerin a bionaftu. Přebytek methanolu je odstraněn z obou produktů a často znovu použit. Jak glycerin, tak bionafta mohou před prodejem projít čištěním, přičemž druhá se destiluje, aby se odstranila barva.