Mořský ekosystém je vystaven silnému stresu; v mnoha oblastech jsou podmínky nezbytné k udržení života buď v ohrožení, nebo vůbec neexistují. Ničení mořských stanovišť převládá zejména na pobřežích, kde se zvýšila lidská populace. Ztráta stanoviště, znečištění, nadměrný rybolov, destruktivní rybolovné praktiky a globální oteplování všichni podkopávají mořské prostředí.
Pobřežní čáry
Ztráta biotopu, znečištění, odtok a zvýšená slanost ničí korálové útesy, mořské trávy a další stanoviště pro ptáky a ryby. Vzhledem k tomu, že pobřežní mokřady jsou vyplňovány tak, aby vyhovovaly rostoucí lidské populaci, přehrazení řek snižuje tok sladké vody, zpomaluje odtok živin a inhibuje migraci ryb. Méně sladké vody znamená zvýšenou slanost v mokřadech a ústí řek, což poškozuje trávy, které čistí vodu, která teče do moře. Eroze způsobená odlesňováním posílá bahno do řek, potoků a nakonec do oceánu a blokuje sluneční světlo potřebné k přežití korálových útesů.
Nadměrný rybolov
Biologičtí rybáři vypočítají maximální udržitelný výnos, aby odhadli množství ryb, které lze odlovit z populace, aniž by riskovali její dlouhodobou životaschopnost. V letech 1974 až 1999 se podíl rybolovu, který překonal maximální udržitelný výnos tresky, ztrojnásobil z 10 na 30 procent. Podle Centra pro oceánská řešení je od počátku 90. let úlovek jedním z nejvíce na světě produktivní rybolov, Ochotské moře, se kvůli dvakrát a dva a půlkrát snížil nadměrný rybolov. V Tichém oceánu více než polovina ostrovních zemí neudrží udržitelným způsobem své korálové útesy.
Mořské dno
Komerční rybářská plavidla využívající postup známý jako vlečné sítě pro lov při dně táhnou přes mořské dno velké sítě spojené s těžkými váhami. Cílenými druhy jsou krevety, treska, jazyk a platýz, ale vše na mořském dně je zajato. Vlečná síť pro lov při dně může zanechat mořský ekosystém trvale poškozený a vedlejší úlovky (necílové druhy, jako jsou mořské želvy, mořští ptáci a savci), jsou jednoduše hozeny přes palubu. Vedlejší úlovky mohou činit až 90% celkového úlovku a ohrožené ryby a hlubinné korály jsou často zabíjeny.
Okyselení
Jak se podnebí ohřívá, oceán absorbuje více oxidu uhličitého, čímž je kyselější. Zvýšená kyselost inhibuje schopnost mořských organismů vyvíjet skořápky, a to zahrnuje i drobná zvířata zvaná plankton, která tvoří základ oceánské potravní sítě. Někteří vědci naznačují, že to také způsobí, že některé mořské druhy budou emitovat méně sloučenin síry, které podporují tvorbu mraků, které ochlazují Zemi. Klimatické modely předpovídají, že to během tohoto století způsobí další oteplení o 0,5 stupně Celsia (0,28 stupně Fahrenheita).
