Filipíny jsou zemí bohatou na biologickou rozmanitost a endemismus s mnoha přírodními zdroji, které přispívají k hospodářství a místním komunitám. Jeho pobřeží a pobřežní stanoviště jsou obzvláště důležité, přičemž rybolov, zemědělství a průmysl jsou všechny závislé na vodních cestách a mořském prostředí země. Hrozby pro úbytek stanovišť a biologické rozmanitosti pocházejí z různých postupů, včetně čištění půdy, neudržitelného rybolovu a znečištění.
Ztráta lesního porostu
V letech 2000 až 2005 ztratily Filipíny ročně něco přes dvě procenta svého lesního porostu. Jednalo se o druhou nejvyšší míru v jihovýchodní Asii. Jak 2005 to bylo si myslel, že jen tři procenta primárního lesa zůstala. Rychlé odlesňování vede k různým hrozbám pro ekosystém, včetně ztráty biologické rozmanitosti, eroze půdy, záplav, sesuvů půdy a snížení kvality vody. Lesy jsou ohroženy komerční těžbou a těžbou dřeva.
Degradace korálových útesů
Filipíny jsou globálním centrem biologické rozmanitosti mořského pobřeží. Neoprávněný sběr a vývoz korálů a živých ryb z útesů měl za následek významné škodlivé účinky na biologickou rozmanitost, stav korálových útesů, pokrývku mořské trávy a počet ryb. Pouze 5 procent útesů si udrží více než 75 procent živých korálových krytů. Mezi destruktivní rybolovné postupy patří nadměrný rybolov, rybolov pomocí vlečných sítí, rybolov dynamitem a rybolov pomocí kyanidů, kde se kyanid rozpouští ve vodě a stříká na útesy, zatímco další hrozby pocházejí ze znečištění a eroze.
Hrozby pro mangrovy
Mezi hrozby pro mangrovy patří nadměrná těžba, znečištění a vyklizení půdy pro zemědělství a lidské osídlení. Výsledkem chovu krevet je téměř nevratné a ekonomicky nákladné poškození této oblasti, což je ještě znepokojivější, protože farmy krevet se stávají nerentabilními již po třech až pěti letech. Ničení mangrovů je také spojeno s degradací korálových útesů, protože útesy chrání mangrovy před silnými vlnami a proudy, které odplavují jemný sediment, na kterém mangrovy rostou.
Ztráta biodiverzity
Filipíny jsou považovány za megabiodiverzitu. Má spoustu jedinečné flóry a fauny; ve skutečnosti je téměř polovina suchozemských obratlovců a až 60 procent jejích cévnatých rostlin pro zemi jedinečná. Míra ztráty biologické rozmanitosti se odráží v některých šokujících zjištěních. V roce 2006 bylo Mezinárodní unií pro ochranu přírody označeno za ohrožených něco málo přes 20 procent druhů obratlovců. Zhruba 127 druhů ptáků je považováno za ohrožených a původní kakadu filipínský, kdysi rozšířený, je nyní kriticky ohrožen.