Velmi málo bakterií produkuje endospory. Pouze některé z těchto druhů ve kmeni Firmicute produkují endospory, což jsou nereprodukční struktury obsahující DNA a část cytoplazmy. Endospory nejsou skutečné spory, protože nejsou potomky bakterie. Endospory se tvoří, když jsou bakterie vystaveny extrémním nebo nepříznivým podmínkám prostředí. Mohou přežít po dlouhou dobu, i když jsou hladoví a vystaveni chemikáliím a teplotám, které by za normálních okolností bakterie zabily.
Bacilní bakterie
Bakterie rodu Bacillus jsou nejčastěji studovány ze všech bakterií produkujících endospory. Bakterie Bacillus jsou rozmanité a daří se jim v mnoha různých prostředích. Endospory této bakterie jsou vysoce toxické pro mnoho organismů, včetně lidí. Patogen Bacillus anthracis je známý toxin, který používají vědci i teroristé. Existuje však mnoho dalších druhů Bacillus.
Clostridium Bacteria
Stejně jako ostatní druhy bakterií produkujících endospory jsou bakterie Clostridium grampozitivní, což naznačuje, že mají podobné vlastnosti, jako je struktura buněčné stěny. Grampozitivní bakterie jsou citlivé na stejná nebo blízce příbuzná antibiotika. Bakterie rodu Clostridium jsou zodpovědné za širokou škálu lidských chorob, od mírné otravy jídlem až po botulismus, stejně jako tetanus a gangrénu plynu.
Desulfotomaculum bakterie
Podobně jako jiné bakterie produkující endospory jsou bakterie rodu Desulfotomaculum také zodpovědné za znehodnocení potravin a nemoci. Bakterie desulfotomacula mohou způsobit zkažení špatně konzervovaných potravin. Tam, kde jsou v hojném množství, produkují nepříjemný zápach podobný síře.