Kambodža má třetí nejvyšší míru odlesňování na světě, která je motivována těžbou dřeva i těžbou v zemědělství. Odlesňování ničí stanoviště a narušuje rovnováhu jemných tropických půd. Bez toho, aby stromy držely půdu na místě a doplňovaly organickou hmotu podestýlkou, půda rychle eroduje a během prvních několika let kultivace ztrácí velkou část své úrodnosti.
Kambodžské pobřežní ekosystémy, z nichž mnohé jsou mangrovové lesy, které poskytují důležitá místa pro rozmnožování ryb a ochranu před povodněmi, jsou ohroženy několika faktory. Pobřežní ekosystémy dusí sediment vyplavený z nedávno odlesněných oblastí ve vnitrozemí. Tyto vody také nesou nebezpečné pesticidy a hnojiva. Špatně regulované farmy na výrobu krevet způsobují čištění mangrovů a uvolňování přebytečných živin do vody, což vede k přemnožení řas a narušení ekosystému.
Jak Kambodža industrializuje, lidé se hrnou do městských oblastí, které rostou příliš rychle na to, aby sanitační infrastruktura mohla držet krok. Mnoho oblastí nemá kanalizační systémy, nebo jsou přinejlepším nefunkční. Kanalizace a průmyslové odpadní vody kontaminují podzemní a povrchové vody v mnoha městských oblastech. Nebezpečný tuhý odpad si často najde cestu na otevřené skládky, kde se může vyluhovat do podzemních vod nebo je rozfoukávat vítr.